小產權房的房產證由鄉鎮頒發，個人並沒有實際的產權，個人想要轉讓小產權房，必須在購買滿五年之後才能夠進行。小產權房的建設用地一般是歸鄉集體所有，並且這類房產只能由這個鄉的村民購買居住。購買小產權房之後，若要再轉讓，必須補交土地出讓金，否則便不能夠上市交易。大產權房的房產證由國家頒發，被國家認可和接受，職工可以自由或轉讓大產權房，沒有時間上的限制。大產權房的用地是由國家劃撥或者轉讓的，銷售物件可以是任何人。購買大產權房之後，購買者可以自由進行使用、或轉讓，不用補繳任何費用。購買在建小產權房時，購房人與開發商簽訂合同並交付房款後，如果相關部門整頓鄉產權房的建設專案，可導致部分專案停建甚至被強迫拆除。購房人會面臨既無法取得房屋，又不能及時索回房款的尷尬境地。購房後如果遇到國家徵地拆遷，由於鄉產權房沒有國家認可的合法產權，購房人並非合法的產權人，所以無法得到對產權進行的拆遷補償，而作為實際使用人所得到的拆遷補償與產權補償相比微乎其微。
回遷房和小產權房的區別是什麼？
1、土地性質
就土地性質而言，回遷房是徵收方賠給被徵收區域居民的房屋，一般是由政府統一劃分土地，其土地性質屬於國有劃撥土地。但是回遷房一般是佔用農村集體土地，沒有經過國家正規手續而建造的房屋。
2、房屋產權
回遷房和小產權房的房屋產權存在差異，回遷房有兩種，一種是暫時不能辦理房產證但有回遷協議的回遷房，另外一種有房產證的回遷房。但小產權房屋一般是沒有房產證的，就算是有，也是鄉鎮政府或村集體給房主頒發的房產證，這個房產證是不被國家認可的。
3、上市交易
有房產證的回遷房上市交易時，需要繳納一定的土地出讓金，可以過戶，在滿足部分條件的前提下，也是可以落戶的。但是小產權房作為一種不受國家認可的房屋型別，其上市交易是存在一定的風險的，也不能落戶。
4、抵押貸款
有完整產權證書的回遷房是可以進行抵押貸款的，但是小產權一般是不可以抵押貸款的。
產權房也就是國家承認的房屋，就是房屋的所有權證或者集體使用土地使用證的房屋，產權非常明晰，主要包括商品房，寫字樓，商鋪，工業用房等，產權房的房產證是由國家開國家統一發放的，是開發商繳納了土地出讓金之後建設的房屋，業主們在購買了這類房屋之後，是可以進行自由交易的，依法享有佔有、收益等所有的權利。而小產權房是由鄉鎮政府或者村政府同意之後在農村集體土地上建設的房屋，它的產權國家是不承認的，得不到任何的法律保護。使用權房是公房，產權是歸國家或者集體所有的，個人只能使用或者承租許可權，不得私自轉讓，也不得出租、出售房屋，這種房屋個人只有居住權，單位是有權隨時收回房屋的。使用權房和小產權房的區別主要在於是否擁有房產證和土地使用權，小產權房是有房產證，但是得不到法律的維護，但是擁有土地使用權，而使用權房是沒有任何的房產證和土地使用權。