南京地鐵移動支付支援銀聯閃付和支付寶掃碼兩種方式，在具體使用中有一定區別：
銀聯閃付使用者持“62”開頭的銀聯IC卡直接刷卡過閘乘車，也可透過繫結銀聯卡的HuaweiPay、ApplePay、MiPay、SamsungPay銀聯手機閃付方式刷手機過閘乘車，乘客無須開啟任何應用，在傳統刷卡區“輕輕一揮”即可快速過閘。
使用支付寶的乘客，在手機上點選“支付寶APP—付錢—乘車碼—南京地鐵電子卡”，註冊併成功領取“南京地鐵電子卡”後，將“南京地鐵電子卡”二維碼對準閘機橙黃色部分的掃碼區，聽到提示音後，閘機開門即可進站，出站操作類似。
以支付寶為例，想要乘地鐵的話，首先開啟手機支付寶，接著在支付寶首頁點選更多選項，開啟後找到城市服務選項，開啟後定位到自己所在的城市，接著點選交通出行，然後點選地鐵電子卡，然後選擇同意認領就可以了。
使用者在領取了地鐵電子卡之後，在乘坐地鐵的時候只需開啟手機支付寶，在支付寶首頁點選付錢，開啟後點擊乘車碼，然後選擇地鐵電子卡進行刷碼就可以了。
除此之外，使用者也可以在支付寶首頁點選頁面右上角的卡包選項，開啟後也是可以找到地鐵電子卡的，點選後選擇去刷碼就可以使用了。
不過需要注意的是，並不是所有的城市都是可以領取地鐵電子卡的，對於不支援的城市來講，是無法領取地鐵電子卡的。
資料拓展：2004年12月8日，浙江支付寶網路科技有限公司成立。2005年2月2日，支付寶推出“全額賠付”支付，提出“你敢用，我敢賠”承諾。2008年10月25日，支付寶公共事業繳費正式上線，支援水、電、煤、通訊等繳費。
南京地鐵是可以用支付寶的，2018年12月25日，支付寶官微宣佈，從26日起，南京地鐵正式開通支付寶掃碼支付功能，全線174個車站每站“兩進兩出”閘機通道投入使用。
南京支付寶掃碼乘坐地跌的具體步驟如下：
1、領卡流程：進入支付寶首頁，點選頂部的"付錢"→點選底部的"乘車碼"→點選底部的"切換卡片"→定位"所在城市"，並"領取"南京地鐵電子卡→點選"立即領卡"按鈕→在"支付寶授權領卡頁"，點選"確認並授權"→領卡成功。
2、使用流程：進入支付寶首頁，點選頂部的"付錢"→點選底部的"乘車碼"→將二維碼對準閘機橙黃色模組"掃碼區"。
截止2019年6月，包括南京地鐵在內的全國120個城市公交、地鐵都使用了支付寶首創的雙離線二維碼技術。在網路較差的情況下，也能保證使用者最快0.3秒高速過閘。隨著南京地鐵刷碼坐車上線，明年有望實現長三角地鐵刷碼互聯互通，南京人一個手機就能暢行長三角。