1、南京農業大學具有良好的研究生培養條件還有指導力量，現有四個一級學科國家重點學科，三個二級學科國家重點學科，一個國家重點培育學科，八個學科入選江蘇高校優勢學科建設工程專案，五個江蘇省一級學科重點學科；
2、培養研究生的學科專業涉及哲學、經濟學、法學、文學、歷史學、理學、工學、農學、醫學、管理學等十個學科門類；
3、2000年開始專業學位研究生培養，有獸醫博士、獸醫碩士、農業碩士、工程碩士、公共管理碩士、工商管理碩士、風景園林碩士、會計碩士、金融碩士、翻譯碩士、國際商務碩士、社會工作碩士、中藥學碩士、法律碩士和圖書情報碩士等15種專業學位授予權；
4、研究生還有以下專業，科學技術哲學，金融學，產業經濟學，國際貿易學，國際商務，經濟法學，社會學，馬克思主義基本原理，思想政治教育，社會工作，外國語言文學，翻譯專門史，數學，化學，地圖學與地理資訊系統，海洋科學，植物學，動物學等。
其專業分別有：哲學、經濟學類、法學、教育技術學、漢語言文學、英語、歷史學、數學與應用數學、資訊與計算科學、應用化學、生物科學、生物技術、生態學、生物科學類、統計學、機械類、機械設計製造及其自動化、工業設計、材料科學與工程、材料化學、能源與環境系統工程、電子資訊類、光電資訊科學與工程、電子資訊科學與技術、計算機科學與技術、軟體工程、網路工程、土木工程、水利水電工程、測繪工程、製藥工程、服裝設計與工程、包裝工程、農業機械化及其自動化、木材科學與工程、環境工程、環境科學、資源環境科學、食品科學與工程、食品質量與安全、建築學、生物工程、農學、園藝、植物保護、種子科學與工程、設施農業科學與工程、茶學、動物科學、蠶學、動物醫學、動物藥學、林學、園林、水產養殖學、草業科學、資訊管理與資訊系統、工商管理類、農林經濟管理、公共管理類、工業工程、旅遊管理。
1、林學院：林學，水土保持與生態工程，森林保護，園藝，地理資訊科學，生物技術；
2、化學工程學院：化學工程與工藝，林產化工，生物工程，生物製藥；
3、機械電子工程學院：機械設計製造及其自動化，機械電子工程，自動化，測控技術與儀器，過程裝備與控制工程；
4、材料科學與工程學院：林材科學與工程，木結構建築，材料科學與工程，能源與動力工程，新能源科學與工程，包裝工程；
5、經濟管理學院：農林經濟管理，工商管理，會計學，會計學cima班，市場營銷，國際經濟與貿易，法學，資訊管理與資訊系統，電子商務，金融工程；
6、土木工程學院：森林工程，土木工程交通土建，土木工程建築工程，給排水科學與工程，工程管理，測繪工程；
7、人文社會科學學院：漢語言文學，漢語國際教育，廣告學，旅遊管理，社會工作，廣播電視學等。