劇情：故事開始於圓明園。深夜，一個宮女在一名太醫掩護下，偷襲了雍正的寢宮，使其雍正暴死，人頭丟了，下葬時用一顆金頭代替。
乾隆繼位，立即多方秘密追查刺殺雍正之人。幾番搜查之後，雍正時期文字獄的最大冤主呂留良家族的唯一活口呂四娘被認為正是割走雍正人頭之人。（呂四娘從文字獄案逃脫後被江湖上大名鼎鼎的獨臂神尼收為徒弟習武，長大後本事甚為了得。）乾隆嚴命“雍正無頭案”不得走漏半點風聲，並秘命內廷四大侍衛南下追捕呂四娘。其中領頭者為一等侍衛伊爾根。呂四娘其時正和太醫曹太虛奔走在南方的某個小城裡，行醫賣藝。雍正晚年崇尚金石之術時，曹太虛原是皇上身邊的方士之一。
乾隆對此案志在必得，又派特使快馬加鞭傳旨到南少林，要南少林派人暗中密查呂四娘和曹太虛下落，追回雍正的人頭。特使找到南少林的老主持玄通大師，將皇上御賜的龍牌交與他，憑龍牌行事，不得有誤。
此時南少林寺內正在熱火朝天準備一次三十六房主持的競選，這次競選意義非同一般：誰當上三十六房主持，就成為南少林武功第一，也就是半個中國武功第一。寺內上下都明白最有實力者非方世玉與雲明二人莫屬。
特使提議誰最後成為勝出者，誰就可持龍牌抓人。但玄通明白按照比武規則，世玉和雲明進入最終對決必有一死一傷，而且也延誤聖命。玄通斷然宣佈，二人比試南拳七十二式點到為止，誰勝出誰就能憑著龍牌去執行朝廷交給的任務。雲明自知武功稍遜世玉，本想在最後的比試中做手腳陷害世玉，以奪得主持之位。面臨突然的變動，他順水推舟，乾脆在比試中敗在世玉手下。他更想趁此機會，在世玉追查呂四娘行蹤的途中殺死世玉，並栽贓給呂四娘。這樣他可穩當坐上三十六房主持之位。
方世玉邀請兩位老朋友——“江湖老千”卓靈和“神偷”趙大宏（在第一部中本說到大宏已死，但世玉等人發現棺木裡是空的，大宏死而復生。疑是三德和尚營救了大宏）一起踏上征程。世玉的恩師、三十六房的創始人三德和尚早已被逐出南少林，得知世玉接受朝廷指派任務出行的訊息後，悄悄跟隨世玉一行，暗中相助。
泉州知府溫榮玉綽號“玉老虎”，與雲明勾結，欲在途中加害方世玉。原來他與雲明都知曉世玉身上的一個秘密，那便是刺在他背上的一張“藏寶圖”。明朝正德年間，倭寇在南少林寺後山埋下了一批珍寶，價值連城。悉知此事的三德和尚將藏寶的地圖刻在世玉的後背上，沒有留下任何副本。所以殺了世玉，雲明可得主持之位，玉老虎可拿著人皮地圖起獲珍寶。一舉兩得的事情，唯有聯手勝算最大。
雲明和玉老虎想從世玉身邊的親密朋友下手，於是設計欲買通卓靈和趙大宏。卓靈和趙大宏知道了寶藏圖，卻瞞著對此事不知內情的世玉，打起了自己的算盤：好東西幹嗎不自己留著？另一方面，三德和尚此次跟隨世玉的主要目的也是為了保護寶藏圖不落人他人之手——其實他並非真正被逐出少林，而是由玄通大師暗中安排在寺外接應南少林，並保護這批珍寶。
世玉一路喬裝打扮，和卓靈、趙大宏尋訪呂四娘下落，終於在三德的暗中幫助下發現了呂四娘和曹太虛的行蹤。呂四娘與世玉幾次交手，被世玉的蓋世氣質所征服，芳心萌動。世玉也對呂四娘有好感，並和卓靈分析呂四娘可能是被人陷害。卓靈見世玉偏袒女殺手，大為吃醋。幾乎是同時，伊爾根領頭的四大侍衛也找到呂四孃的所在。他驚訝發現南少林弟子也攪和在此事中，並發現世玉手中有皇上御賜的龍牌，令他無法下手。此際，他也才明白原來皇上早就留著一手：讓他們四大侍衛和南少林和尚一明一暗，追查人頭，殊路同歸。因此，伊爾根怕世玉搶他的頭功，他要在追捕呂四娘途中還想同時殺死世玉，獨攬此功。但他萬萬想不到，行將方世玉滅口之際，呂四娘在關鍵時刻救了世玉一命。
雲明和玉老虎一夥也追蹤寶藏圖至此。趙大宏和卓靈與雲明和玉老虎鬥智鬥勇，其目的保護世玉的同時也隱瞞著他們兩人對那些珍寶的野心，所以也累也麻煩也快樂，神偷趙大宏差點被雲明陷害，中毒後昏迷不醒，卓靈為救大宏更被雲明推下懸崖。四方糾葛時，乾隆首次南巡來到海寧。他正是為著雍正無頭案而來。他清楚呂四孃的能耐，為了更快解決這個案子，他分別召見世玉和伊爾根，下重賞，答應誰要是完成任務，就會得到黃金萬兩和世襲四品官職。
呂四娘和曹太虛也趕到海寧，行刺乾隆，終因乾隆也武功高強而未能成功。曹太虛犧牲，呂四娘負傷而逃。世玉也暗中掩護了呂四娘，阻擋了追殺的侍衛。世玉又為四娘療傷，還上了那次四娘救他一命的人情。這件事情很快被敏銳的伊爾根發現，報告皇上。乾隆大怒，立命閩浙總督全力抓捕二人。
世玉只好撇下自己的好朋友，與呂四娘一起出逃。在出逃過程中，呂四娘對世玉說出了自己刺殺雍正的前因後果。世玉要她考慮江山社稷和平、百姓安寧穩定的重要，勸她自首。呂四娘不聽世玉勸告，兩人矛盾頓生，邊吵架邊鬧彆扭邊逃跑。
在共患難的途中，呂四娘不可救藥地愛上了世玉……最後四娘宣告只是為了世玉的安危才去朝廷投案自首。但被乾隆收押以後，呂四娘卻得知皇上並沒有信守諾言放過世玉，反而也將世玉押入大牢。呂四娘怒不可遏，越獄逃出並劫獄救出世玉，兩人約定一起去廣東。
乾隆對此十分惱怒，找上南少林興師問罪，若不能在限定時日內抓回兩人，便要取玄通大師的首級。屢次撲空殺不了世玉的雲明逮此機會，索性將玄通囚禁起來，自命為南少林主持，並將玄通交給皇上。皇上沒想到會南少林會出此內槓，懷疑雲明的所作所為。在玄通的一番解釋點撥下，乾隆弄清楚了事情的來龍去脈。他下令恢復了玄通的主持位置，但仍表示如果這個案子不結，不抓到世玉四娘二人，就要滅了南少林！雲明倉皇出逃，更歇斯底里地去找世玉拼命，三德和尚在保護世玉中被雲明的暗器毒傷，命不過三天。雲明被救人心急的呂四娘就地解決，一命嗚呼。
三德臨終前將所有的秘密和陰謀對世玉和盤托出，傷心失落的世玉遵照師傅的遺囑，讓呂四娘將寶藏圖繪下，透過玄通大師獻給皇上，保住南少林。同時交給玄通大師一封信，說明自己要永遠離開南少林，和呂四娘一起去廣東山林海畔生活。