攻略如下：
1、一週目通關，爸爸給宇宙中心參觀票；
2、出門有人找，然後去隔壁勁敵家裡；
3、到爸爸道館門口附近和反派打架；
4、去大吾爸爸公司見大吾爸爸；
5、去第二個道館的洞穴，跟少女打架；
6、去宇宙中心上二樓；
7、到流星瀑布深處找到大吾和老人；
8、回到大吾爸爸公司打架；
9、飛到宇宙中心門口打架，上二樓；
10、到水靜市右邊反派組織老巢，進最深房間找少女；
11、再去宇宙中心上二樓；
12、到第八道館所在地神廟前見米克利；
13、去131號水路天空之柱和米克利戰鬥；
14、進天空之柱聽少女講故事上樓；
15、捕捉裂空座；
16、和少女戰鬥；
17、去太空打碎隕石，出來迪奧西斯80級；
18、回去打第二遍四天王。
1、隨著一週目的結束，主角也就會到了自己家，但這正意味著新的旅途的開始。
2、下樓後，會出現2個媽媽。她們會說起你碰到了2只傳說中PM的事情。下面一個媽媽脫掉偽裝露出了自己的真面目，原來他是神奧的國際刑警Handsome (漢森)。他會讚揚主角和館主的活躍，使等離子團的城堡毀滅了，部下散的散逃的逃。
但是七賢者依然潛伏在伊修大陸的各個地方，所以冠軍推薦你參與漢森的調查。
同意協助他調查，得到超級釣竿。Handsome介紹釣竿用法後離開。
3、隨即你就要去尋找六位賢者。出門後遇到兩位勁敵。於是乎圖鑑升級升級圖鑑之後，基本只剩下支線劇情。來到第四個道館的城鎮，有很多設施的那個(精靈中心上面的左邊一座民宅一樓左邊的人可以拿秘傳04怪力)，往右走過一段路到一座橋上，會遇到三個瞬移男，他們會給你金剛石，白玉，白金玉之後瞬移離開。
4、繼續走會遇到一個研究所，該研究所是與前作聯動的捕獲地點，之後，研究院看見你身上有所有的勳章，然後驚訝了一番，便請你使用機器(DP，PT，HGSS)的PM傳送過來，但是PM身上不能攜帶道具。
5、往右走過一座城市直接往右上出去，然後往上，在去新城市的門口找左邊度假的少女談話拿到秘傳機器06潛水!在深的地方可以潛水，但只能去海底遺蹟。海底遺蹟在該城市右邊海域，在上面的房子裡可以遇到前作的冠軍希羅娜，選是展開對戰!
1、二週目在家中開始。
2、下樓後爸爸給了張船票，同時電視上播放了水都的訊息，同樣建議選不喜歡的顏色。
3、出門後博士前來升級圖鑑。
4、與小遙對話可以無限對戰（我能說這有個 BUG麼……小遙你把我第一個徽章還回來！！！）。
5、小遙精靈：Lv.7 4電龍 Lv.75雪妖女 Lv.7 6火焰雞 Lv.7 6蜥蜴王 Lv.76巨沼怪 Lv.7 8。
6、沙漠蜻蜓：古辰鎮的夢之實驗室可以進去了，不過劇情還不能啟用。
7、火箭隊老大精靈：Lv.78袋龍 Lv.78天蠍王 Lv.78重甲暴龍 Lv.78班吉拉 Lv.78。
8、尼多王 Lv.80烈咬陸鯊，勝利後阪木跑掉了，上前捉 Lv.30雪拉比