通關以後： 通關以後回到家中，走下樓，和爸爸講話，得到船票，使用船票可以去戰鬥塔，在戰鬥塔裡連勝可以得到獎品。
通關後可以得到的特別精靈：
裂空座： 通關後去吉納鎮（遊過131水道），在131水道的天柱可以進行捕捉。
水都兄妹： 通關後在地圖上除房屋、洞穴外任何地點都可遇到，一旦遇到就會逃跑，紅寶石是拉帝歐斯，藍寶石是拉帝亞斯。
三神柱： 從吉納鎮往左遊，見到一個海底小洞，上浮，來到一個古蹟，走到一塊寫著不明文字的地方，叫出學過鑽地洞的精靈，發現大洞。然後把古空棘魚排在排頭，吼鯨王排在排尾，調查最上方的面板後以下觸發劇情：
1、雷吉洛克：在沙漠中發現一個洞，在不明文字處向右、向右、向下、向下，使用推石頭，可觸發機關。
2、雷吉艾斯：在105號道路發現一個洞，保持看不明文字2分鐘後，可觸發機關。
3、雷吉斯奇魯：在120號道路發現一個洞，在中間使用飛天，可觸發機關。
口袋妖怪綠寶石通關後的攻略：
1、通關後，會回到家裡。爸爸會給一張船票，就可以去卡依市或者阿田市坐船了。之後看電視，上面說有不明精靈在芳園地區飛行，媽媽會問是藍水督還是紅水督，你選擇哪隻，以後就會遇到哪隻水督。
2、走出屋子，博士會幫忙把圖鑑升級為386版，在芳園地區就可以抓到金銀版的精靈了。坐船來到戰鬥樂園，這裡是以前戰鬥塔的所在地，現已改建為更大的對戰地區。
3、在樂園的最右邊，會看到一個奇怪的樹，它使用肥波鯨噴壺，會出現騙人樹，40級。收服騙人樹後，在它擋住的地方使用衝浪，一直往左走可進入一個洞窟，裡面有大量的畫畫犬。
4、暫時離開戰鬥樂園，會在119號道路的氣象臺所長那裡得知，某號道路的天氣有異常狀態，之後立即到那條道路。如果那裡出現大太陽，則要尋找一個山洞，古拉頓在裡面；如果下大雨，則要尋找一小塊可以潛水的水域，裡面待著海皇牙。兩隻神獸各70級。
紅寶石的通關攻略：
1、從道古鎮向左走到天元市，進GYM後與一個綠毛少年對話，之後與爸爸對話後，繼續向左走，到天元森林，看見有人的磨磨姑被火巖隊的人搶了，上前幫忙打倒他，獲贈超級球，穿過森林到達金水市，先去PC左邊的屋那HM01，之後去GYM挑戰，勝利後得到TM39。
2、剛從GYM出來看見又有人被火巖隊槍東西，追上去轉右進入隧道與火巖隊PK，勝利後往回走，與得文製造公司的人對話，達到得文製造公司，出來後，回到森林進口，會看到右邊有間屋，進去要你老人幫忙送你去武鬥島，之後與老人對話，選第二項去卡依市。
3、到達卡依市直上走，先去右邊的造船廠，之後去美術館，去2樓與研究員對話，之後火巖隊的人出現進行PK，勝利後就送出行李，繼續上走，過橋，會與對手PK，走到銀葉市，先去FR右邊的屋拿HM06碎石，之後到GYM，向右走到盡頭，進入隧道，用碎石把那岩石碎了後那男人送你HM04怪力。