1、戰鬥邊疆依然是5個建築和1個戰鬥塔，最為傳統的戰鬥塔模式，從水晶版起就有的設施，每次需要連勝7輪才算完成。完成一定連勝數後可以接到來自BOSS的挑戰；
2、單人模式連勝20場後出現BOSS，精靈為快龍、美麗龍或重甲暴龍，等級會因模式不同而改變。 單人模式連勝48場後出現BOSS的第二回挑戰，精靈為火鋼獸、神柱王或夢獸，等級會因模式不同而改變。值得注意的是夢獸有非常高的耐久；
3、在戰鬥工廠不能使用自己的口袋妖怪，而是租用提供的怪獸。
1、戰鬥邊疆依然是5個建築和1個戰鬥塔，最為傳統的戰鬥塔模式，從水晶版起就有的設施，每次需要連勝7輪才算完成。完成一定連勝數後可以接到來自BOSS的挑戰；
2、單人模式連勝20場後出現BOSS，精靈為快龍、美麗龍或重甲暴龍，等級會因模式不同而改變。 單人模式連勝48場後出現BOSS的第二回挑戰，精靈為火鋼獸、神柱王或夢獸，等級會因模式不同而改變。值得注意的是夢獸有非常高的耐久；
3、在戰鬥工廠不能使用自己的口袋妖怪，而是租用提供的怪獸。
1、大木博士會出現在玩家面前，然後這三個選項選第三個“沒問題”就可以了，前倆是操作方法和冒險目的相關。
2、選擇男女主角。
3、給主角起名。
4、冒險開始，主角出現在自家的二層，下樓後被媽媽叫住口袋妖怪金心攻略，得到了揹包，訓練師卡。
5、出門向左，來到宇津木博士研究所前。
6、進入研究所，就可以選擇冒險的搭檔了。
7、從實驗室出來後，會遇到副主角。
8、然後回家和媽媽打聲招呼吧，會從媽媽那裡得到手錶，也就是原版金銀水晶裡的“裝置”，並記下媽媽的電話。
9、現在終於可以帶著自己的精靈出發了口袋妖怪金心攻略，臨行之前會被宇津木博士叫住，留下博士的電話。
10、路並不難走，一路向左就可以到達吉野市，路上會有個回血藥劑，樹上的果子目前還不能採摘。
11、路口的老爺爺帶你參觀吉野市之後會給你跑步鞋，下屏點選跑步鞋後，不用按B鍵就可以一直處於跑步狀態了。
12、帶上少許麻痺藥，解毒藥什麼的上路吧，臨出城又會碰到老爺爺，這次他把地圖送給主角，點選下屏的口袋手錶後可檢視地圖。
13、途中某個民宅裡出來個大叔給你柑果盒，這樣我們就可以摘取小樹上的柑果了。
14、入手果盒之後，徑直向上來到主角的爺爺家門口，路上會看到倆少年正在PK。
15、進去後，會遇到爺爺和宇宙霹靂無敵的大木博士，並會得到圖鑑以及不可思議的蛋。
16、爺爺會給你回血，出門口突然接到宇津木博士的電話，這時我們要趕回博士研究所。
17、在吉野市右側路口會遇到對手---一個紅髮少年。
18、回到研究所，保安會問主角那個紅髮少年的名字，保安走後博士拿走不可思議蛋，主角的旅途繼續。
19、來到29號路，副主角會教主角抓精靈，並送給主角5個精靈球。
20、30號路的那兩個訓練師終於不擋路了，其中一個訓練師詢問主角是否留下電話，以後可以反覆挑戰。
21、路上媽媽會在電話裡問你是否存錢，沿途有一個黑暗的山洞，因為沒有閃光和碎巖，我們目前還不能去。
22、在關卡處會遇到副主角，會給你對戰記錄器。
口袋妖怪金心喇叭芽獲得方法：
1、去第一個導管的喇叭芽之塔；
2、和喇叭芽塔德長老對戰；
3、戰勝後即可到最頂層；
4、一直往前走即可看見梯子，上去後即可找到金心喇叭。
注：喇叭芽是一個草系選擇的21級進化成口呆花，之後用草石即可進化成大食花，物攻105和特攻100，可以用作雙刀。