1、首先是29號道路。遇到指路大爺，獲得地圖，然後是30號道路，接到空木博士的電話，說有緊急事件，趕緊回去。
2、然後是ヨシノシティ吉野市，和紅髮男對戰勝利後獲得徽章及TM51羽休，接到博士電話，獲得精靈蛋一枚。
3、然後是36號道路。向下走到32號道路，得到破釣竿。得知釣魚的方法，從精靈中心向下走來到山洞通路，透過山洞通路後進入檜皮鎮，村民和火箭隊的爭執結束後。
4、下ヤドンのいど呆呆獸之井，看到鋼鐵先生，回到鋼鐵先生家，他作為答謝，答應以後可以用圓柑果幫主角製作特殊的精靈球，並且登入了電話給你。
1、遊戲初始：看完遊戲畫面，然後宇宙第一的大木博士會向你講解這個奇妙的精靈世界．聽完這些講解後，就輪到確定主人公的性別和名字啦，這些也都是歷代口袋都會有的內容．（不過倒是沒出現給對手起名的環節）。把基本設定交代完畢後，博士終於把主角放進了遊戲．冒險開始！
2、出現在自己家的二層，這裡似乎是沒什麼東西的．下到一層一下子被媽媽叫住，隨後得到了揹包，以及一個電話本和媽媽的電話，以後我們就可以拿著這個電話本記錄一些NPC的電話了．把事情解決之後離開家門吧。落葉鎮是一個美麗而靜謐的小鎮，出口向西，通往西邊那美麗的關西大陸．同時背靠關東大陸，成為兩片大陸的重要交匯點．在這裡，冒險即將展開。
3、鎮子裡除了宇津木博士的研究所沒有什麼特別的東西．出口也一如既往地出不去．那麼就進去研究所吧。（研究所外面向裡偷看的紅髮少年也就是今後我們的對手了，這時候前去說話只會被踢一腳而已）。
4、進入研究所，我們該挑選第一隻PM夥伴了，選擇菊草葉，小鋸鱷和火球鼠．後兩隻會比較適合快速通關的，而菊草葉會適合想要挑戰自己的人和對菊花有愛的人。
5、29號路在心金魂銀中身上順序排位第一的PM會自動跟在主角身後，隨著冒險的深入，可以跟在身後的傢伙也會越來越強。
1、大木博士會出現在玩家面前，然後這三個選項選第三個“沒問題”就可以了，前倆是操作方法和冒險目的相關。
2、選擇男女主角。
3、給主角起名。
4、冒險開始，主角出現在自家的二層，下樓後被媽媽叫住口袋妖怪金心攻略，得到了揹包，訓練師卡。
5、出門向左，來到宇津木博士研究所前。
6、進入研究所，就可以選擇冒險的搭檔了。
7、從實驗室出來後，會遇到副主角。
8、然後回家和媽媽打聲招呼吧，會從媽媽那裡得到手錶，也就是原版金銀水晶裡的“裝置”，並記下媽媽的電話。
9、現在終於可以帶著自己的精靈出發了口袋妖怪金心攻略，臨行之前會被宇津木博士叫住，留下博士的電話。
10、路並不難走，一路向左就可以到達吉野市，路上會有個回血藥劑，樹上的果子目前還不能採摘。
11、路口的老爺爺帶你參觀吉野市之後會給你跑步鞋，下屏點選跑步鞋後，不用按B鍵就可以一直處於跑步狀態了。
12、帶上少許麻痺藥，解毒藥什麼的上路吧，臨出城又會碰到老爺爺，這次他把地圖送給主角，點選下屏的口袋手錶後可檢視地圖。
13、途中某個民宅裡出來個大叔給你柑果盒，這樣我們就可以摘取小樹上的柑果了。
14、入手果盒之後，徑直向上來到主角的爺爺家門口，路上會看到倆少年正在PK。
15、進去後，會遇到爺爺和宇宙霹靂無敵的大木博士，並會得到圖鑑以及不可思議的蛋。
16、爺爺會給你回血，出門口突然接到宇津木博士的電話，這時我們要趕回博士研究所。
17、在吉野市右側路口會遇到對手---一個紅髮少年。
18、回到研究所，保安會問主角那個紅髮少年的名字，保安走後博士拿走不可思議蛋，主角的旅途繼續。
19、來到29號路，副主角會教主角抓精靈，並送給主角5個精靈球。
20、30號路的那兩個訓練師終於不擋路了，其中一個訓練師詢問主角是否留下電話，以後可以反覆挑戰。
21、路上媽媽會在電話裡問你是否存錢，沿途有一個黑暗的山洞，因為沒有閃光和碎巖，我們目前還不能去。
22、在關卡處會遇到副主角，會給你對戰記錄器。