科學的古玉鑑定方法有別於古玩鋪鑑定古玉的方法，其核心思想有三點 一是以科學發掘的出玉器為標準器；二以歷史學、藝術史的成果系統地整理傳世古玉，在傳世玉器中選擇標準器；三是適當地運用科技條件和檢驗成果。自1949年以來，我國科學的田野考古成就斐然。從舊石器時代晚期到19世紀，都有年代準確的玉器出土，透過排列，歷代玉器的做工、藝術等特點已鮮明地表現出來。這一成果反映在《中國玉器分類全集》。另外，我國博物館、文物商店及收藏家都收藏了大量的傳世玉器，雖然其中有不少玉器是後代仿前朝之作，但也有一部分玉器是真品，而且有些玉器的器形還是出土玉器中不曾有過的，因此傳世玉器的意義便凸現出來了，也就是說，傳世玉器中也有標準器。把標準器按年代排列，不僅理順了古代玉器發展的脈絡，而且對各個朝代玉器的用料、形制、紋飾、品種、做工等工藝特點都能瞭如指掌。當然，要做到這一步，並不是某幾位學者可以做到的，而是需要幾代學者的努力。適當地利用科技條件及其檢驗成果非常重要，如現代學者利用現代科技手段，證實岫巖閃玉的存在。
用50倍放大鏡觀察工藝痕跡，古玉的加工工藝有剖片，細加工和拋光。精品的高古玉器清根及地子大多勻淨平整、潔淨利落，重要的是垂直的砣痕不能太過，若使用電動砣具，一般可有垂直砣過的凹陷痕跡。分析這種工藝的特點是鑑定古玉真偽的極其重要的方法
用50倍的放大鏡加上強光手電來觀察平面氧化透光照射。因為高古玉經過空氣、水及其他物質所產生的化學反應，產生粉狀，小孔洞，白斑。如果火燒假玉器是沒有那種層次感、深度，在強光燈照射下玉質透明、純淨，氧化層非常薄，細心觀察很容易對比出不同點
從腐蝕來鑑定，這也是要在50倍放大鏡和強光手電來觀察其特徵，長時期埋在各種土壤中，特別是酸性土壤都會有腐蝕的現象。因為很多人利用自然腐蝕嚴重的玉石料加工成偽古玉，所以在放大鏡下觀察孔內經化學變化而形成的閃亮結晶體分析其蝕孔和蝕斑現象。
透過氣味來鑑定，此種方法較不易掌握，因玉器埋藏環境的不同，氣味也不同，大多有墓葬味、土腥味，還有傳世品特有的氣味。帶有泥土雜物的玉器，不論出土早晚，必須有墓葬味，用水一浸或呵氣其味更大，反之，無味則必假。
古玉長時間在各種存放環境下與所接觸的器物所產生的顏色物理變化，我們叫“沁色”。是自然色變，如果是在黃土內埋藏，則可能產生黃褐色沁。在50倍放大鏡和強白燈光下觀察，沁色通常是在玉的接觸部位薄弱或自然解理、綹等部位。
凝結物也就是我們所說的包漿，就是古玉在各種環境中，由其他物質在玉器表面粘附形成的一種物質，有一些是透明狀，有的則是半透明的，有的則是墓土。無論哪一種，都十分自然，凝結較實，並伴有墓葬氣味，這種氣味有的即使經過刷洗也仍然存有，這也是氣味辨偽的一個重要方法。只適用於未經清洗的出土古玉。
真的高古玉工藝精製，表面清根均勻乾淨，有砣痕，而假高古玉砣痕凹陷明顯。用手電照射高古玉，它的玉質透明、純淨，是老玉，假的玉質沒有陳舊感。真的高古玉有土腥味，而假高古玉有化學藥劑的氣味。
1、工藝真高古玉的工藝製作有剖面，細加工和拋光，而且清根和地子乾淨利落、平整光滑，砣痕自然。假高古玉工藝沒有剖面，而且是用電動砣具製作的砣痕，砣痕凹陷明顯。
2、玉質用強光手電照射，可以看到真高古玉玉質透明、純淨，是老玉，而且表面有腐蝕現象。假的高古玉玉質新鮮，加工明顯，表面有很多用化學藥劑腐蝕後剩下來的結晶體。
3、氣味因為長期埋在土下，所以真高古玉有一種特殊的墓葬味和土腥味，用水泡後氣味明顯。假的高古玉沒有任何氣味，如果有，則是化學藥劑的氣味，泡在水中氣味會完全喪失。