司馬懿與孔明共有三次大戰：
1、孔明揮淚斬馬謖，武侯彈琴退仲達。斬馬謖是諸葛亮第一次北伐的時候。諸葛亮用空城計成功，魏延向諸葛亮提出的攻打南谷和斜谷的方法並沒有被採納。
2、諸葛亮第二次北伐的時候，諸葛亮本來計劃：蜀漢是正統，要北伐篡漢的曹魏，以有道伐無道。但是有幾點諸葛亮沒注意到。北方軍民的擁護支援是有限的。北伐的條件是艱苦的。曹魏一方的軍國力量是雄厚的。蜀軍用上了雲梯撞車，可是這些都被魏軍破壞了。這場架一隻打了20多天，蜀軍的糧食不夠了，所以退兵，第二次北伐失敗。
3、公元229年春，諸葛亮又一次北伐。因為郭淮的不戰而退，諸葛亮得到了武都和陰平，諸葛亮奪下這兩城之後就回漢中待著了，這一次北伐司馬懿終於出現了，他和曹真一起伐蜀。最終諸葛亮的第三次北伐以曹真掛了畫上句號。這一次，司馬懿敗給了諸葛亮。
諸葛亮與司馬懿鬥陣，諸葛亮搖著蒲扇，擺出陣法問司馬懿：你認識這個陣法嗎。司馬懿回答道：這個是八卦陣，怎麼會不認識。諸葛亮說：你答得正確，既然認識，那你敢闖陣嗎。司馬懿回應說：既然認識這個陣法，怎麼會不敢。司馬懿便吩咐他的三個將領入陣，並對他們說：這個是諸葛亮擺的陣，你們三個人只要分別從正東方向的生門攻入、從西南方向的休門殺出、從正北方向的開門殺入就可以破這個陣法，切記小心破陣，他們三個人按照司馬懿的破陣之法各自領三十個兵士破陣，當他們從生門打入，進入蜀軍的時候，但是衝突不出。八卦陣就像銅牆鐵壁一樣，
電視劇中的司馬懿 司馬懿和諸葛亮的不同之處，是他要對付的敵手和潛在的敵手更多一些。
劉禪稱諸葛亮為相父，言聽計從；曹睿視司馬懿不過是老臣之一，並不十分信任。諸葛亮在西蜀，幾無一人可與之相埒；而在洛陽朝中，曹真、曹休這些皇親，陳群、華歆、王朗這些重臣，權勢不小，與司馬懿不相上下，並對他深懷戒心。劉備託孤時，要他的兒子對諸葛亮以父事之；而曹操早留下“司馬懿鷹視狼顧，不可付於兵權，久必為國家大禍”的評語。
因此，諸葛亮只有一個敵人，即曹魏；只有一個念頭，即北伐；也只有一個手段，即訴諸武力。司馬懿知道，魏之患在蜀，而不在吳，防蜀甚於防吳，但從曹丕起，攻吳之心重於攻蜀。司馬懿知道魏強蜀弱，堅守不出，以逸待勞，則蜀必敗，但朝野上下，勢驕焰盛，務求必克。
他知道，功高不僅震主，也會引起同僚嫉妒，適度退讓，以免鋒芒過露，但又不能使人認為他不是舉足輕重的力量。從長遠來看，不宜急於和諸葛亮決戰，可以在耐心等待中求得“不戰而屈人之兵”的效果；又不能不打，朝野上下要看到他的戰果。他也瞭解，一旦太輝煌，同僚嫉妒固非小事，主子猜疑則更加可怕；而無所作為的話，有可能被黜還鄉，一敗塗地。
所以，他得把握住，贏不能大贏，輸不能大輸，攻不宜太攻，守不宜大守的分寸感，要比諸葛亮難多了。由此可見司馬懿的心機和他處於荊棘叢中的謹慎，以及善處左右的韜略。在當時諸葛亮、陸遜與他這三個堪稱棋逢對手的主帥之中，應該說他處境最難，所以，他在政治上，也包括在軍事上，以退為進，以守為攻，步步為營，終於取得最後的勝利。
諸葛亮六出祁山，一次只能帶一個多月的糧草，糧吃完了，仗也打完了，就得撤回去。所以，他是典型的追求速戰速決的短期行為者。司馬懿不僅要打敗諸葛亮，打敗蜀國，還要打敗吳國，奪取魏國，變為一統的司馬氏天下。他的目光，要比爭奪幾座城池遠大得多。
司馬懿不但在軍事上是諸葛亮難以對付的對手，在政治上也表現不俗。他知道，諸葛亮必取武都、陰平，遂派郭淮、孫禮襲蜀兵之後。諸葛亮知道司馬懿必有此舉，親率兵馬，來襲郭淮、孫禮之後，前後夾攻，魏兵大敗。在武都、陰平失守以後，司馬懿料到諸葛亮不在營中，定去兩城安撫百姓，派張郃、戴陵去奪蜀寨。諸葛亮卻未離寨，並設下包圍圈，以待偷襲。司馬懿在這時以一種開闊的胸懷、大家的氣度，承認“孔明智在吾先”。一個不怕承認失敗的對手，是令人不寒而慄的。難怪孔明先生嘆息：“彼深知我也。”