農村合作社開具的發票，可按13%的扣除率計算抵扣增值稅進項稅額，計算公式：進項稅額=買價×13%。抵扣進項稅額是指企業在生產經營過程中購進原輔材料、銷售產品發生的稅額後，在計算應繳稅額時，在銷項增值稅中應減去的進項增值稅額，簡稱進項稅。
特殊的普通發票如收購農產品普通發票，公路通行費發票等是可以抵扣，其他的普通發票不得抵扣，只有專用發票才能抵扣。
稅法規定的扣稅憑證有：增值稅專用發票，海關完稅憑證，免稅農產品的收購發票或銷售發票，貨物運輸業統一發票（或者部分實施“營改增”地區的運輸業增值稅發票）。
另外，根據財稅[2012]15號通知，自2011年12月1日起，增值稅納稅人購買增值稅稅控系統專用裝置支付的費用以及繳納的技術維護費(以下稱二項費用)可在增值稅應納稅額中全額抵減。因此，取得購入增值稅稅控系統增值稅專用發票以及稅控軟體維護費的地稅發票也可以抵扣。
以下增值稅電子發票可以作為抵扣進項的抵扣憑證：
1、旅客運輸服務
政策依據：《財政部、稅務總局、海關總署關於深化增值稅改革有關政策的公告》（財政部、稅務總局、海關總署公告2019年第39號）第六條
2、通行費
政策依據：《財政部、稅務總局關於租入固定資產進項稅額抵扣等增值稅政策的通知》（財稅〔2017〕90號）第七條
3、自產自銷農產品（免稅）
政策依據：《財政部、稅務總局關於簡併增值稅稅率有關政策的通知》（財稅〔2017〕37號）第二條
納稅人購進農產品，取得一般納稅人開具的增值稅專用發票或海關進口增值稅專用繳款書的，以增值稅專用發票或海關進口增值稅專用繳款書上註明的增值稅額為進項稅額；從按照簡易計稅方法依照3%徵收率計算繳納增值稅的小規模納稅人取得增值稅專用發票的，以增值稅專用發票上註明的金額和9%的扣除率計算進項稅額；取得（開具）農產 ...
依據《財政部稅務總局海關總署關於深化增值稅改革有關政策的公告》（財政部稅務總局海關總署公告2019年第39號）第二條：“納稅人購進農產品，原適用10%扣除率的，扣除率調整為9%。納稅人購進用於生產或者委託加工13%稅率貨物的農產品，按照10%的扣除率計算進項稅額。”也就是說，納稅人購進用於生產或者委託加工 ...
《增值稅暫行條例實施細則》第二十五條強調：如果購入的汽車是應徵消費稅的汽車是不可以抵扣進項稅的，而且這裡也強調“自用”，如果購入汽車不是自用，而是為了銷售，則可以抵扣進項稅。《消費稅暫行條例》所附的《消費稅稅目稅率表》列舉的徵收消費稅的小汽車範圍，為乘用車和中輕型商用客車兩種，不包括其他型別機動車。 ...
企業或僱主購買的財產保險如車險，責任保險如僱主責任險，都屬於增值稅的可抵扣專案，是在國家政策規定之內，符合進口稅抵扣專案。所以僱主責任險專票是可以抵扣進口稅的，可以憑取得的增值稅專票作為進項稅額抵扣。 ...
有些可以抵扣，有些不可以抵扣，比如乘坐公共交通工具取得的票據的進項稅額是無法抵扣的。根據財稅[2016]36號文，購進的旅客運輸服務的進項稅額不得從銷項稅額中抵扣，所以如果乘坐公共交通工具取得的票據的進項稅額是無法抵扣的。但如果駕駛公司自有車輛出差，就不屬於購進旅客運輸服務，行駛過程中花費的汽油費、停車費 ...
住宿費普通發票是不可以抵扣進項稅的，要增值稅專用發票才可以抵扣。企業員工在公司經營地或註冊地發生的住宿費，只要不屬於簡易計稅方法計稅專案、免徵增值稅專案、集體福利或者個人消費的，取得專票認證後，也可以按規定抵扣進項稅額。 ...
住宿費可以抵扣進項稅，企業員工在公司經營地或註冊地發生的住宿費，只要不屬於簡易計稅方法計稅專案、免徵增值稅專案、集體福利或者個人消費的，取得專票認證後，也可以按規定抵扣進項稅額。 ...