同工同酬與編制的區別主要有，事業單位在編人員，與單位確認的是人事關係，而不是勞動關係，所以在編人員的待遇不是按照《勞動法》調節的。而是依據《事業單位在編人員管理條例》，其入職條件、學歷、經歷與合同制人員不一致，而且事業單位在編人員的工資組成包括：基本工資績效工資。基本工資=崗位工資薪級工資+職稱工資。而職稱工資是評聘結合的，所以工資組成不一樣，因此同工缺乏依據。
根據《勞動法》裡的同工同酬指的是合同制人員的同工同酬，合同制人員與勞務派遣人員的同工同酬，合同制人員、勞務派遣人員與單位確認的是僱傭關係而不是人事關係，其待遇依據《勞動法》，其待遇在錄用方式、勞動報酬來源、適用法律上與事業單位在編人員不同。
同工同酬與編制的區別如下：
同工同酬的合同工屬於臨時招聘性質的，不佔用編制，單位對是否繼續簽約有絕對決定權；
2、事業編制即上報人事局備案，佔用編制名額，單位不能獨自決定人員去留，需報人事局審批，即相當於說是過去的鐵飯碗；
3、同工同酬的合同工所享受的一切福利據合同中商定的條款確定，只要合同沒變則待遇不變，受法律所約束；
4、事業編制人員福利待遇由單位擬定後報人事局審批，遇政策調整可相應作出調整，一般包括“一金三險”，即住房公積金、養老保險，醫療保險，失業保險，具體交多少由國家規定。
5、編制就是在編員工，指單位的正式員工，享受正式員工待遇，崗級也相應合同工較高。
法律依據：根據《勞動法》裡的同工同酬指的是合同制人員的同工同酬，合同制人員與勞務派遣人員的同工同酬；
合同制人員、勞務派遣人員與單位確認的是僱傭關係而不是人事關係，其待遇依據《勞動法》，其待遇在錄用方式、勞動報酬來源、適用法律上與事業單位在編人員不同。
主要區別有五點：區別一，是否屬於國家體制內。備案制就是合同制，體制外的，不是正式的。編內是體制內的，正式的。區別二，單位和員工互相選擇的許可權。備案制，單位和員工互相選擇的範圍更大些；編制內，單位和員工互相選擇的範圍很小。區別三，享受的社會保障有差別。備案制，職工按照當地有關的勞動法，可享受五險（即養老保險、醫療保險、失業保險、工傷保險、生育保險）社會保障，但沒有二金（住房公積金和職業年金）；編制內，職工享受的工資待遇，按照人社部門規定的標準來計發，可享受二金五險（即養老保險、醫療保險、失業保險、工傷保險、生育保險和住房公積金、職業年金）的社會保障。區別四，工作的穩定性。備案制，較穩定。編制內，很穩定。區別五，享受的工資待遇。備案制，比常說的合同工的待遇提高。編制內，比備案制員工高。