第1集《雲霄飛車殺人事件》
第54集：《電玩公司殺人事件》
第128集《黑衣組織10億元搶劫事件》
第129集《來自黑衣組織的女子》
第176至178集《與黑衣組織的再會》
第274集《幽靈屋的真相》
第286至288集《工藤新一紐約事件》
第289至290集《光彥森林迷失記》
第307至308集《遺留的無聲證言》
第309至311集《與黑衣組織的接觸》
第340至341集《廁所裡隱藏的秘密》
第345集《與黑衣組織直面對決之滿月之夜的雙重謎案》
第425集《黑色衝擊之組織魔爪伸來的瞬間》
第462之465集《黑衣組織的影子》
第484至485集《黑色照片的去向》
第491至第504集《紅與黑的碰撞》
第579集《黑與13的暗示》
第580集《逼近的黑色時刻》
第581集《紅色的搖擺目標》
第674集《偵探們的夜想曲》
第700集《逼近灰原秘密的暗影》
第701至704集《漆黑的特快列車》
黑衣組織組織成員依次為科恩、琴酒、基爾、卡爾瓦多斯、伏特加、貝爾摩德、基安蒂、宮野厚司、匹斯可、龍舌蘭、雪莉、宮野明美、沼淵己一郎、原佳明、宮野艾琳娜、吞口重彥。黑衣組織自漫畫《名偵探柯南》開始就已經出現，主角工藤新一正是因為看到了組織進行非法交易的場面而被服下毒藥，身體縮小成為一個七歲男孩。他化名為江戶川柯南，借住在青梅竹馬的女友小蘭家的毛利事務所，調查黑衣組織。這個組織的真實名稱一直是一個謎，在片中往往以黑衣組織、組織代稱，組織的組成結構和目的也不明顯。但可以肯定的是黑衣組織是一個在全球都有分支部的大型犯罪組織，勢力遍佈日本和西方國家，並且有雄厚的遍佈全球的產業。並且在日本政界、經濟界和科學界有很深的人脈。組織裡的顏色是黑色，組織裡的人穿著漆黑的衣服，核心成員都以酒名作為代號。內部有很嚴格的紀律，不合格的成員、暴露組織身份的成員和背叛組織的成員都會被剷除。
TV版：
1、第76集，柯南vs怪盜基德；
2、第132集，魔術愛好者殺人事件；
3、第133集，魔術愛好者殺人事件；
4、第134集，魔術愛好者殺人事件；
5、第219集，名偵探大集合；
6、第356集，怪盜基德之奇異的空中步行；
7、第394集，奇異屋宇的大冒險；
8、第395集，奇異屋宇的大冒險；
9、第396集，奇異屋宇的大冒險；
10、第469集，怪盜基德與四幅名畫；
11、第470集，怪盜基德與四幅名畫。
劇場版：
1、M3《世紀末的魔術師》；
2、M8《銀翼的魔術師》；
3、M10《偵探們的安魂曲》。