區別有：
1、動畫版是根據漫畫版改編而成，動畫的進度比漫畫慢1年左右。
2、動漫對比漫畫劇情上會有改動，如3、11日本地震，動漫版刪去一段有關地震的描寫。
3、貝爾摩德給波本打電話，有三個人接 ，對應漫畫版FILE800立體交差的思緒，目前這一集沒有收錄到漫畫單行本中。
區別有：
1、動畫版是根據漫畫版改編而成，動畫的進度比漫畫慢1年左右。
2、動漫對比漫畫劇情上會有改動，如3、11日本地震，動漫版刪去一段有關地震的描寫。
3、貝爾摩德給波本打電話，有三個人接 ，對應漫畫版FILE800立體交差的思緒，目前這一集沒有收錄到漫畫單行本中。
113集：白色海灘殺人事件
115集：有氧潛水殺人事件
153集：園子的夏日海灘冒險物語（前篇）
154集：園子的夏日海灘冒險物語（後篇）
215集：復仇海灘（前篇）
216集：復仇海灘（後篇）
222集：人魚失蹤記（事件篇）
223集：人魚失蹤記（推理篇）
224集：人魚失蹤記（解決篇）
246集：陷入網中的謎團（前篇）
247集：陷入網中的謎團（後篇）
291集：孤島的公主與龍宮城（事件篇）
292集：孤島的公主與龍宮城（追求篇）
293集：孤島的公主與龍宮城（解決篇）
542集：讓魚兒消失餓一角巖（前篇）
543集：讓魚兒消失餓一角巖（後篇）
劇場：《紺碧之棺》
從97年至今總共出了21個劇場版，依次是：《引爆摩天樓》、《第十四個目標》、《世紀末的魔術師》、《瞳孔中的暗殺者》、《通向天國的倒計時》、《貝克街的亡靈》、《迷宮的十字路口》、《銀翼的魔術師》、《水平線上的陰謀》、《偵探們的鎮魂曲》、《紺碧之棺》、《戰慄的樂譜》、《漆黑的追逐者》、《天空的遇難船》、《沉默的十五分鐘》、《第十一個前鋒》、《遠海的偵探》、《異次元的狙擊手》、《業火的向日葵》、《純黑的噩夢》和《唐紅的戀歌》。