目前名偵探柯南的結局還沒有播出，其總集數還無法確定。
漫畫講述了主人公江戶川柯南以天生的推理能力對抗神秘組織，並與同伴一起解決無數案件的故事。主角工藤新一原本是一位頗具名聲的高中生偵探，在目擊黑衣組織的地下交易後，準備追蹤時卻被黑衣人琴酒襲昏，並被灌下代號為“APTX4869”的不明藥物。後來雖然倖免於死，但身體就此縮小為小學時期的模樣。之後他化名為江戶川柯南，在好友阿笠博士的建議下，寄住在青梅竹馬毛利蘭的父親－蹩腳偵探毛利小五郎家中，繼續秘密從事追查黑暗組織的工作，並私下探尋獲得解藥的管道，希望能夠恢復原來新一的樣貌。與此同時，柯南憑著自己的推理天份，配合阿笠博士為他發明的道具，幫助毛利小五郎成為出名的大偵探。故事內容當中穿插許多愛情、友情、犯罪、背叛、復仇等情節。
由於某件案子，眾人都變成名人，蘭很不適應。優作則要求新一及蘭一起前往美國讀大學。妃回到毛利身邊並要蘭去美國。而毛利因英勇表現而被聘回警局當重案組組長，此時毛利道出早已知道柯南是新一而故意不說破的真相。夕陽中，新一看到哀和少年偵探團開心的玩耍而頗感欣慰。在機場，眾人歡送新一和蘭離去，只有哀偷偷轉過身去對著自己和柯南的照片垂淚。
《名偵探柯南》到2020年2月8日為止，還沒有很明確的大結局，各路粉絲也根據以往電視劇和劇場中的情節線索，按照推理和演繹，歸納整理了最為可能的結局走向。
1、黑衣組織最終敵不過超級小學生柯南，外加FBI裡“銀色子彈”等等一系列人間高手，於是黑衣組織被消滅了。而小哀也進入組織找到相關資料和技術，成功研製出了身體變小的完美解藥。她一直以來知道柯南喜歡的還是小蘭，但是她依然放不下自己心裡真實的感情，明知道工藤新一肯定會拒絕自己，還是忍不住地向他告白了。被拒絕之後的小哀，想過如果不把解藥給柯南，那麼柯南頂著小孩子的身體，以同樣小孩子身體的自己，以後也許能更有機會和柯南在一起，而小蘭也許會越走越遠。但是在這種想法的最後，小哀還是無法戰勝那種負罪感，和她作為科學家的良知。最後她決定把解藥給柯南，並且送出了一句：“再也不要相見”。於是第一次，小哀在柯南肩膀上大哭了起來，哭的那麼傷心，然後哭著說了祝福他們的話，就頭也不回地走了。
2、是不是發現小蘭在所有電視劇版、劇場版中，與黑衣組織對抗時，都幸運地毫髮無損地存活了下來？雖然小蘭有著不錯的身手，但是這樣的機率也未免太低。原來，這只是為結局買下的伏筆。在最終柯南與黑衣組織的大戰中，小蘭就沒有這麼幸運了，她在保護柯南的關鍵時刻被擊中了頭部，雖然柯南被保護了，小蘭也存活了下來，但是記憶卻失去了。最後，黑衣組織被擊碎了，一切都回歸平淡，但是小蘭夢境中始終存在一個人，心裡感到好重要好重要，她雖然不知道那是誰，但是堅信那是在失憶之前對自己最重要的人。柯南覺得這一切都是自己造成的，無法拋棄小蘭而和小哀在一起，於是拒絕了小哀，同時也沒好意思開口索要她的解藥。然而讓柯南沒有想到的是，小蘭偷偷找小哀要了身體變小的毒藥，並且在瞞著柯南的情況下服用了。因為她無數次深深地感到，只要變小後重新來過，就能在某一天找回自己的記憶。而知道這件事的柯南，也果斷選擇陪小蘭一起重新尋找記憶。