目前名偵探柯南的結局還沒有播出，其總集數還無法確定。
漫畫講述了主人公江戶川柯南以天生的推理能力對抗神秘組織，並與同伴一起解決無數案件的故事。主角工藤新一原本是一位頗具名聲的高中生偵探，在目擊黑衣組織的地下交易後，準備追蹤時卻被黑衣人琴酒襲昏，並被灌下代號為“APTX4869”的不明藥物。後來雖然倖免於死，但身體就此縮小為小學時期的模樣。之後他化名為江戶川柯南，在好友阿笠博士的建議下，寄住在青梅竹馬毛利蘭的父親－蹩腳偵探毛利小五郎家中，繼續秘密從事追查黑暗組織的工作，並私下探尋獲得解藥的管道，希望能夠恢復原來新一的樣貌。與此同時，柯南憑著自己的推理天份，配合阿笠博士為他發明的道具，幫助毛利小五郎成為出名的大偵探。故事內容當中穿插許多愛情、友情、犯罪、背叛、復仇等情節。
《名偵探柯南》到2020年2月8日為止，還沒有很明確的大結局，各路粉絲也根據以往電視劇和劇場中的情節線索，按照推理和演繹，歸納整理了最為可能的結局走向。
1、黑衣組織最終敵不過超級小學生柯南，外加FBI裡“銀色子彈”等等一系列人間高手，於是黑衣組織被消滅了。而小哀也進入組織找到相關資料和技術，成功研製出了身體變小的完美解藥。她一直以來知道柯南喜歡的還是小蘭，但是她依然放不下自己心裡真實的感情，明知道工藤新一肯定會拒絕自己，還是忍不住地向他告白了。被拒絕之後的小哀，想過如果不把解藥給柯南，那麼柯南頂著小孩子的身體，以同樣小孩子身體的自己，以後也許能更有機會和柯南在一起，而小蘭也許會越走越遠。但是在這種想法的最後，小哀還是無法戰勝那種負罪感，和她作為科學家的良知。最後她決定把解藥給柯南，並且送出了一句：“再也不要相見”。於是第一次，小哀在柯南肩膀上大哭了起來，哭的那麼傷心，然後哭著說了祝福他們的話，就頭也不回地走了。
2、是不是發現小蘭在所有電視劇版、劇場版中，與黑衣組織對抗時，都幸運地毫髮無損地存活了下來？雖然小蘭有著不錯的身手，但是這樣的機率也未免太低。原來，這只是為結局買下的伏筆。在最終柯南與黑衣組織的大戰中，小蘭就沒有這麼幸運了，她在保護柯南的關鍵時刻被擊中了頭部，雖然柯南被保護了，小蘭也存活了下來，但是記憶卻失去了。最後，黑衣組織被擊碎了，一切都回歸平淡，但是小蘭夢境中始終存在一個人，心裡感到好重要好重要，她雖然不知道那是誰，但是堅信那是在失憶之前對自己最重要的人。柯南覺得這一切都是自己造成的，無法拋棄小蘭而和小哀在一起，於是拒絕了小哀，同時也沒好意思開口索要她的解藥。然而讓柯南沒有想到的是，小蘭偷偷找小哀要了身體變小的毒藥，並且在瞞著柯南的情況下服用了。因為她無數次深深地感到，只要變小後重新來過，就能在某一天找回自己的記憶。而知道這件事的柯南，也果斷選擇陪小蘭一起重新尋找記憶。
1、【觀點之一：將犧牲的重要人物是小蘭！】要說起來對柯南來說最重要的人，那不言而喻絕對是小蘭！既然上文說了“結局會製造一些悲劇成分”，那麼為了賺足觀眾眼淚的話，沒有比小蘭為保護柯南而犧牲更好用的橋段了。
2、【觀點之二：將犧牲的重要人物是灰原哀！】雖然柯南並沒有明確表現出來對灰原哀的好感，但是灰原哀對於柯南的喜歡卻是人盡皆知的，但因為有小蘭這個苦苦等待的青梅竹馬在，灰原哀看起來連一丁點機會都沒有。
3、【觀點之三：將犧牲的重要人物是怪盜基德！】作為唯一一個能夠在膽識和智商上和工藤新一打個五五開的天之驕子，怪盜基德不僅早早看穿了柯南的身份並且還多次和柯南聯手破案，可以說是一個亦敵亦友的存在。
4、【觀點之四：將犧牲的重要人物是毛利小五郎！】自己的飼主、未來的岳父——毛利小五郎對柯南來說毫無疑問是一個重要的角色！從出場頻率來看小五郎絕對是TOP前三的主角。