清王朝建立之初，根基未穩，尚需明朝降將為之平定鎮守南方，並且滿清八旗軍兵力有限，入關後，面對義軍與南明政府的反抗，不得不儀仗前朝降官降將，因此三藩勢力逐漸養成，他們即是清朝最為有力的左膀右臂，同時也是皇室最大的心腹之患。
滿清入關後，經過二十餘年的抗戰，終於肅清了義軍勢力，南明政權也徹底垮臺，而清王朝的軍事佈局也急需調整，滿清八旗軍主要陣營在北方，以保衛京師以及鎮守重要關口城池，而藩王勢力主要分佈於南方，吳三桂駐兵雲南，尚可喜駐軍廣東，耿精忠駐兵福建，以此三藩力量最為強大，而這其中屬吳三
清王朝建立之初，根基未穩，尚需明朝降將為之平定鎮守南方，並且滿清八旗軍兵力有限，入關後，面對義軍與南明政府的反抗，不得不儀仗前朝降官降將，因此三藩勢力逐漸養成，他們即是清朝最為有力的左膀右臂，同時也是皇室最大的心腹之患。
滿清入關後，經過二十餘年的抗戰，終於肅清了義軍勢力，南明政權也徹底垮臺，而清王朝的軍事佈局也急需調整，滿清八旗軍主要陣營在北方，以保衛京師以及鎮守重要關口城池，而藩王勢力主要分佈於南方，吳三桂駐兵雲南，尚可喜駐軍廣東，耿精忠駐兵福建，以此三藩力量最為強大，而這其中屬吳三
第一，政治上不得人心，當時天下初定，人心思安，而當時吳三桂打著反清復明的旗號發動叛亂，正是吳三桂將前明勢力趕盡殺絕的，百姓們都看在眼裡，這時卻又反清復明，但是稱帝時放棄了明朝的年號，這不得不令人們感到費解並懷疑其動機，第二，軍事上過於保守，當時吳三桂軍佔領松滋後，並沒有對清軍乘勝追擊，而是與清軍相持，錯過極佳的戰機，後來，吳三桂低估了康熙鎮壓叛亂的決心，企圖裂土議和遭拒，這說明吳三桂的目標不明確，首鼠兩端，缺乏戰略眼光，第三，實力懸殊。畢竟吳三桂是以一隅敵全國，財力和物力不能和擁有天下的康熙相抗衡，一旦戰爭曠日持久的拖下去，後勤補給和人員補充都是問題，拖也會把吳三桂拖垮，第四，內部原因，雖然叛亂初期四處響應，鬧得轟轟烈烈，實質上叛軍內部各個心懷鬼胎。比如陝西提督王輔臣，原為吳三桂部下，叛亂初期他按兵不動，首鼠兩端，最後落到個畏罪自盡的下場，形勢對叛軍不利後，靖南王和平南王紛紛投降，而且眾叛軍之間缺乏統一排程，所有康熙採取分化政策，對叛軍各個擊破，最後孤立吳三桂，綜上所述，由於政治上的不得人心，軍事上的目光短淺，再加上內部之間各懷鬼胎，各自為戰，因此三藩之亂的失敗是必然的事。
失敗的理由：
1、軍事上，戰略失誤，取岳陽後猶豫不決，想要劃江而治，既沒有做好北上準備，也沒有準備好長期作戰的物質準備，沒有鞏固好後方基礎。拿下岳陽雖然對清政府威脅巨大，但沒有繼續拿下江南糧倉錢庫，並沒有給清政府以實質性的重創。戰爭前期打得不錯，即使到後期也不算壞，只能說康熙無能，最後把吳三桂拖死了，才終於平定三藩。
2、政治上，不得人心，思想政治工作有問題，宣傳攻勢做的不好。旗幟是反清復明，但大萌就是吳三桂自己滅的，後來還稱王了，政治目標不能把一大批不滿清朝統治的人聚集起來。
3、實力對比懸殊。另兩藩後期被分化瓦解，事實上最終就剩吳三桂孤軍奮戰。
4、吳三桂目標不明確。起兵之初號稱復明，起兵後廢明年號，自立為周王；兵力鼎盛時期幻想和清政府裂土求和，苟延殘喘之際倉皇稱帝。吳三桂自始至終都沒有明確的目標。