四川有如下的野生動物保護區：若爾蓋溼地國家級自然保護區、九寨溝國家級自然保護區、亞丁國家級自然保護區、臥龍國家級自然保護區、唐家河國家級自然保護區。
四川若爾蓋溼地國家級自然保護區位於阿壩藏族羌族自治州若爾蓋縣境內。若爾蓋保護區是中國第一大高原沼澤溼地，也是世界上面積最大、儲存最完好的高原泥炭沼澤。
四川有如下的野生動物保護區：若爾蓋溼地國家級自然保護區、九寨溝國家級自然保護區、亞丁國家級自然保護區、臥龍國家級自然保護區、唐家河國家級自然保護區。
四川若爾蓋溼地國家級自然保護區位於阿壩藏族羌族自治州若爾蓋縣境內。若爾蓋保護區是中國第一大高原沼澤溼地，也是世界上面積最大、儲存最完好的高原泥炭沼澤。
大熊貓，金絲猴，牛羚，綠尾虹雉等11種國家一級重點保護動物，小熊貓，獼猴，黑熊，水鹿，紅腹角雉等47種國家二級重點保護動物，毛冠鹿等省重點保護動物；珍稀動物中主要有白唇鹿，梅花鹿，毛冠鹿，林麝，蘭馬雞，藏雪雞，斑角雉等。鳥類以畫眉亞科和雉科佔優勢，其中四川山鷓鴣，雉鶉為特產鳥類。爬行類與兩棲類豐富，有不少國內特著品種，如宜賓龍蜥，峨眉髭蟾，北鯢等。川西北高原動物食料較為稀少，主要是一些能適應於高原惡劣條件的奔弛性和穴棲性動物群，毛皮動物量多質優，珍稀動物主要有野驢，野犛牛，白唇鹿，藏羚，馬鹿，林麝，黑頸鶴，藏雪雞等。毛皮資源動物中的喜馬拉雅旱獺資源豐富。
國家一級重點保護野生動物：褐馬雞、金雕、朱䴉、白鸛、黑鸛、玉帶海雕、白尾海雕、虎頭海雕、丹頂鶴、大鴇、胡兀鷲、遺鷗、虎、金錢豹、梅花鹿、原麝、林麝；
國家二級重點保護野生動物：斑嘴鵜鶘、白琵鷺、黃嘴白鷺、白額雁、大天鵝、小天鵝、鴛鴦、蜂鷹、鳶、蒼鷹、雀鷹、松雀鷹、大鵟、普通鵟、毛腳鵟、草原雕、烏雕、禿鷲、白尾鷂、鵲鷂、白頭鷂、鶚、獵隼、遊隼、燕隼、灰背隼、紅腳隼、黃爪隼、紅隼、血雉、白冠長尾雉、勺雞、灰鶴、蓑羽鶴、小杓鷸、紅角鴞、雕鴞、縱紋腹小鴞、長耳鴞、短耳鴞、領角鴞獼猴、豺、水獺、青鼬、石貂、猞猁、兔猻、馬鹿、黃羊、青羊、盤羊、大鯢；
重點保護野生動物：蒼鷺、池鷺、金眶、䴉嘴鷸、普通夜鷹、星頭啄木鳥、牛頭伯勞、黑枕黃鸝、北椋鳥、冠魚狗、藍翡翠、褐河烏、白頂溪鴝、紅腹紅尾鴝、賀蘭山紅尾鴝、黃腳三趾鶉、四聲杜鵑、小杜鵑、紅翅旋壁雀復齒鼯鼠、飛鼠、豹鼠、小麝鼯、刺蝟。