1、法律依據不同。國有獨資企業遵循《全民所有制企業法》，國有獨資公司遵循《公司法》。
2、管理體系不同。國有獨資企業由政府出資，隸屬於政府，實行政府任命或職工選舉並經政府稽核同意的廠長(經理)負責制，注重隸屬關係；國有獨資公司是以“歸屬清晰、權責明確、保護嚴格、流轉順暢”的現代產權制度為指引，建立明確的以資產為紐帶的現代國有產權管理體系。
3、治理結構不同。國有重點大型企業監事會由國務院派出，對國務院負責，代表國家對國有重點大型企業的國有資產保值增值狀況實施監督。
4、管理者角色不同。國有獨資企業的廠長(經理)是上級任命的，是企業法定代表人，在企業生產經營中處於中心地位。國有獨資公司總經理是由董事會聘任，對董事會負責，根據董事會的決策，對企業的日常經營管理工作負全面的責任，董事會與總經理之間是一種聘用關係。
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設立的程式和出資要求不一樣。一人有限責任公司作為有限責任公司的一種，設立時的程式要比個人獨資企業複雜，同樣需要章程、出資和驗資等程式，並且有10萬元最低註冊資本額的要求，個人獨資企業的註冊沒有這樣的限制，程式也簡化的多。
財會制度的要求也不一樣。一人有限責任公司必須建立嚴格的財務會計制度，每年要編制財務會計報告，並且要經過審計。個人獨資企業在這一方面，沒有硬性的要求。
主體和投資限制不一樣。一人有限公司中的人，並不單單是自然人，法人也可以成立一人有限責任公司。但是對於只有一個自然人股東的一人有限責任公司，是不可以轉投資，成立新的一人有限責任公司。而個人獨資企業，沒有轉投資的限制，但是成立的主體只可能是自然人。
個人獨資企業在稅務負擔較輕。一人有限責任公司要交納企業所得稅，利潤分配還要繳納個人所得稅。根據國家政策，個人獨資企業現在不需要繳納企業所得稅。
以上是個人獨資企業的優勢，下面就一人有限責任公司的長處。
兩者法律的概念不同。一人有限責任公司是獨立的公司法人，享有法律規定的法人權力和義務。從規範程度和商業信譽上，一人有限責任公司要強於個人獨資企業。
刑事責任的承擔不一樣。一人有限公司是獨立法人，涉及刑事犯罪可以作為單位犯罪進行刑事處罰，再追究公司的主要負責人員和直接責任人。個人獨資企業不存在單位犯罪，以個人承擔為主。
風險責任上的區別。一人有限責任公司承擔有限責任，股東的責任僅限於自己的出資。而個人獨資企業，一個人的全部資產承擔無限責任，有的還以整個家庭資產承擔無限責任。所以從投資風險和責任上，一人有限責任公司有較大的優勢。但是惡意規避也是不行的。
注意事項：利弊各半，根據自己情況選擇；從發展前途上看，多數情況下一人有限責任公司佔優；
法律地位不同：
個人獨資企業的投資人為一個自然人，財產也為該投資人所有，投資人對企業債務承擔無限責任，故其不具有法人資格；
有限責任公司和股份有限公司對公司承擔有限責任，是企業法人，具有法人資格。企業設立的註冊資本的要求不同。我國個人獨資企業法中對個人獨資企業的最低註冊資本並未作規定，也沒有規定最高限額；
公司法中卻明確地規定了有限責任公司的股東出資必須達到法定資本最低限額，法定資本最低限額按其類別和經營方式不同，可以分別是10萬元、30萬元、50萬元，股份有限公司註冊資本的最低限額為1000萬元。