《大宋少年志》雲霓郡主的結局自殺了。但是在她死後並沒有幾個觀眾會心疼她，因為雲霓郡主的這個角色真的非常的令人討厭，她幾乎滿口謊話而且總是將七齋的人放在危險的境地，即便救了她她也不知道感恩，所以這樣的人被殺也並不可惜。
只是七齋的人多次冒死救她的這份心被辜負了。雲霓被殺之後帝江和韓斷章的對決也並不樂觀，衙內也即將被韓斷章砍頭，但無論結局如何七齋的六個小夥伴都平平安安的就是最大的安慰了。
陸觀年是一個博學多才的人，做事情還有大方向和運籌帷幄的智慧，秘閣也是他成立的目的是為了天下太平，所以他才成立了這樣的秘密組織，而他的六個學生都是從事著間諜工作。本來他們以為抓到了遼國的暗兵處的韓斷章將他扣押在了秘閣裡，但是大遼的郡主來到大宋之後，韓斷章的動作就開始多了起來，他總是與郡主見面，就是因為他綁架了郡主的哥哥，他的目的就是要遼國君主在獻舞的時候刺殺皇后，而有人阻止郡主獻舞的時候，韓斷章就會出來解決這些人。
所以雲霓郡主最後被殺這一點都不會讓大家知道傷心，她曾經做了很多讓人憤慨的事，所以很多人都等著雲霓什麼時候能夠下線。
故事的最後元仲辛和趙簡走到一起，王寬則和裴景走到一起，不過趙簡還有他父親被丁二給綁架了，於是七齋等人開始去夏尋找他們。
劇情到最後元伯鰭死在了祁川寨戰場，他希望元仲辛能好好活著，並且和趙簡成親，將來他們的第1個孩子就取名為祁川，這是元伯鰭他最後的心願。
七齋將陸觀年和元伯鰭都埋葬了祁川寨，戰爭之後丁二被夏關進了大牢，梁竹功過相抵回到禁軍，周懸選擇回到開封，將七齋的所作所為告訴皇帝，皇帝高興並且重新開秘閣。
趙簡邀請元仲辛做她一天的人，其他4個人聽到紛紛迴避，元仲辛於是帶著趙簡吃喝玩樂一天，之後趙簡告訴對方這是她第1次感到輕鬆自由的旅行。
元仲辛拿出母親留下的手鐲送給了對方，這是母親要送給未來媳婦的，這個暗示已經很明顯了，因為元仲辛知道趙簡心氣高，所以她希望在趙簡心累的時候可以給她一個依靠，無論什麼時候用這種方式告訴她，他永遠會陪在對方身邊，趙簡聽到這番話很感動，抱著元仲辛擁吻起來，對趙簡來說如果來生有遺憾，恐怕就是不能和元仲辛在一起了，於是這部劇從這完美落幕。
《大宋少年志》大結局是秘閣七齋的六位少年趙簡、韋衙內、王寬、小景、元仲辛、薛映在守護大宋江山穩定的任務中發揮了重要作用，他們也都實現了各自的願望。