二者的定義不同：
1、日本居酒屋：
是主要提復供“日本酒”和“和食”的，面向“大眾”的餐飲店。
2、日本料理店：
是所有提供“日本料理”的餐飲店的總稱。例如：蕎麥屋，制壽司屋，居酒屋，料亭，焼き鳥屋、串揚げ屋、串焼き屋，天婦羅屋、お茶屋、拉麵屋，好焼屋等。
其中“料亭”的日本料理和環境比較“高檔”，而“居酒屋”則比較大眾。
蕎麥屋，壽司屋，居酒屋，焼き鳥屋、串揚げ屋、天婦羅屋、お茶屋、拉麵屋等提供的飲食則比較“單一”。
和“日本居酒屋”比較相近的日本餐飲店的形式還有：大眾酒場、一杯飲み屋、赤提燈、縄暖4102簾等。
在日本，和“居酒屋”形成對比的是，以提供“洋酒”為中心的大眾餐飲店，例如：酒吧，俱樂部，斯納庫，啤酒屋等。
1、居酒屋，指日本傳統的小酒館，是提供酒類和飯菜的料理店。起源於江戶時期，據說最初是酒鋪經營者為了使客人在買酒之後，能當即在鋪內飲用而提供一些簡單的菜餚開始的。隨著時代的推移，居酒屋也逐漸成了日本文化不可缺少的組成部分，日本的電影和電視劇中也往往會出現居酒屋的場景。日本的居酒屋，其實也是日本文化的一種表現。與只提供酒類為中心的普通酒館不同，居酒屋提供比較有質量的飯菜，但卻不同於小吃店。
2、日料店，類似於普通的快餐店，著重提供便捷的快餐類食品如各種蓋飯拉麵一類，適合上班族學生黨的午餐需求。
在一些日料店裡，一般食用生雞蛋，日常生活中，很多人也非常愛吃溏心蛋，但其實並不建議這樣食用，可能會有細菌，那麼，日料店的生雞蛋溏心蛋會不會有細菌？溏心蛋和全熟蛋營養差別大嗎？下面小編就帶來介紹。
日料店的生雞蛋溏心蛋會不會有細菌？
一句話答案：如果不能確定來源，最好不要生吃!
雞蛋容易沾染多種致病菌，最常見的是沙門氏菌和大腸桿菌。雞蛋殼上有許多微孔，細菌能侵入雞蛋內部，可能引發食物中毒。
我國約有10%的雞蛋表面被沙門氏菌汙染，64%的蛋殼大腸桿菌嚴重超標。
美國食品和藥品管理局(FDA)則估計，每年約有320萬枚被汙染的雞蛋上市，會導致近8萬人患病。
多國的食品安全指南都建議：“不要生吃雞蛋”。
從營養角度來說，生吃雞蛋也不如熟吃好。
但如果你很喜歡吃生雞蛋、溏心蛋，一定要在正規商超，購買有明確標識的“可生食雞蛋”。
注意：這種雞蛋必須低溫儲存。購買時要看，是否在冷櫃裡存放，還要看生產日期(越近越好)。
溏心蛋和全熟蛋營養差別大嗎？
如果單單的就營養進行分析，會發現溏心蛋、全熟蛋並沒有太大的區別。蛋白質、礦物質、維生素都是存在的，並不會因為其分類不同，產生影響，細緻的進行分析，或許有這樣的評判，溏心蛋更有利於維生素的吸收，全熟蛋的話，蛋白質消化比較有利，當然差別並不是很大。
不少人會有這樣的誤區，認為雞蛋在加熱的過程中，受到溫度的影響，內部的結構發生改變，營養會處於缺失狀態，事實上並非如此，隨著加熱，蛋白蛋黃收緊，會發現營養變高。看似好看的溏心蛋，或許在某些方面比不上全熟蛋。
溏心蛋畢竟不屬於全熟的雞蛋，其中的一些類生物素，會導致人們對蛋清中蛋白質的吸收，營養吸收的全面度不如全熟蛋。
如果真正想要吃雞蛋，建議大家還是吃全熟的雞蛋，溏心蛋不宜多吃，真的不利於健康。並且就食用方式來說，以水煮蛋為主，其次選擇蒸蛋，然後選擇荷包蛋，接下來是雞蛋湯，煎雞蛋、炒雞蛋、茶葉蛋，最後是滷蛋。可以說，堅持這樣的食用方式，才是有助於健康的。
至於沒有徹底做熟的溏心蛋，儘量少吃，以免有必要的麻煩。生吃雞蛋，更是應該避免食用，一旦錯誤的吃，吸收細菌，可能為時已晚了。