二本：
廣東金融學院、廣東藥科大學、廣東技術師範學院、廣東第二師範學院、廣東警官學院、仲愷農業工程學院、五邑大學、肇慶學院、嶺南師範學院、廣州體育學院、廣州航海學院、韶關學院、嘉應學院、韓山師範學院、吉林大學珠海學院、北京理工大學珠海學院、廣東石油化工學院、廣東外語外貿大學南國商學院、華南理工大學廣州學院、廣東工業大學、中山大學南方學院、電子科技大學中山學院、中山大學新華學院、廣東財經大學華商學院、廣州大學松田學院、廣州大學華軟軟體學院、廣東培正學院、廣州商學院、廣東工業大學華立學院、東莞理工學院城市學院、華南農業大學珠江學院、廣東白雲學院、廣東科技學院。
三本：
廣東技術師範學院天河學院、廣東海洋大學寸金學院、廣東東軟學院、廣州工商學院、廣東軟學院、廣東理工學院、廣州工商學院、廣東科技學院、北京師範大學、電子科技大學中山學院、廣東工業大學華立學院廣州大學松田學院
學費不同：三本學費高昂。沿海地區三本學費大都在1萬/年以上，四川部分地區三本學費在6500-8500之間。相比較於二本3000至4000左右的學費，是相當昂貴。但往往並不能說是“物有所值”。三本高昂的學費上繳並不能帶來優質的教學硬體設施，也很難帶來優秀的教師資源。高昂的學費接收到的學生往往是高中沒有好好對待的官宦子弟或比較富裕家庭子弟。
教學環境不同：三本校舍大都陳舊，規模極小，學生難以享受到真正的大學生活。因為是校方懂事出錢，資金的不雄厚與盈利的根本目的，投資基本上會做到最底。也沒有考慮長遠的打算來建設學校。尤其在教學的硬體設施上，99%%的三本學校校舍規模小，有些地方三本院校是甚至沒有自己的學校教學基地，靠租地方來教學。這種學校的學生歸屬感低。就好比民辦高中與公辦高中學生感覺一樣。三本院校的建設往往比不上民辦類大學的基礎建設。比如西安有所財經院校的學校建設在山上了，基礎設施不完善。二本學校是國家出錢。校園基礎設施健全。
教師隊伍不同：三本學校的教學隊伍弱，三本類學校的研究能力為零。評價大學教學隊伍這一軟體設施基本是看大學的研究能力。可在三本類院校裡，沒有研究生院，沒有碩士學位點，因此沒有任何研究能力可言。三本類學校的教學隊伍大都依靠二本師資。但二本師資力量往往不足以滿足三本教學。於是新招收的老師中往往非常年輕，資歷尚淺，基本沒有什麼社會經驗與教學經驗。因此吃虧的便是學生了。更甚至，三本學校的老師有的竟然沒有取得碩士學位。至於軟體--教師水平和學校教學質量就參差不齊了，有的是外聘名校老師，有的是返聘退休教師，還有的乾脆就是直接招聘其他學校的本科和碩士畢業生。但是更多的三本院校是以營利為主要目的，所以師資力量都非常薄弱。有證據已經表明：三本學校的教師隊伍裡，很大一部分是本科畢業生。在二本學校裡，這種現象不可能出現。最低的教師學歷要求都已經是碩士學位。
有無助學貸款：三本學校的學生並不能享受國家的無息助學貸款。這就給困難學生家庭與來自貧困地區的學生帶來了困難。如果你在國家辦的二本類及重點院校裡，哪怕你讀的是專科，只要你申請，是完全可以在大學入學時申請國家的無息助學貸款，順利完成大學學業。助學貸款不針對三本類學生的。國家正規大學的學生(含專科)，最高可以無息貸款1.8萬。
社會地位不同：三本學生的社會地位普遍較低。筆者曾經採訪過幾所三本學校的畢業與為畢業學生。大多數學生坦言，曾遭受過社會歧視。歸屬感較低。
就業難易程度不同：三本學校的學生就業非常非常困難。就業是所有本科類院校的靈魂所在。是大學教學的最終目的。三本學校並非國內公辦大學，而是民辦大學。目前，國企基本不會招三本學生的。三本學校還沒有成熟到完全的本科院校。三本是隨著教育機構增多而出來的低端教育，社會上絕大多數的公司還不認同三本學生的本科教育。三本學生目前遇見的找工作的情況非常尷尬。有效就業情況基本為零。注意，不是指800塊一個月的工作。
學制差異：三本學制要四年或四年以上，專科只需3年。
學費差異：三本的學費比較貴，專科學費相對低些。
教學內容差異：本科學生對知識的理解是在研究為什麼的問題，注重理論;專科學生對知識的理解是在研究是什麼，怎麼去做，注重實踐和動手能力。
發展潛力差異：本科比專科畢業的學生後勁更足。