1、是否收費不同，微信收款商業版在自動結算時會收取手續費，行業不同，費率也不同，一般是0.6%，即一天收入1000元，需要繳納6元手續費，實際到賬994元。而個人版收款小賬本的使用則是完全免費的，收到的錢直接進入微信錢包。
2、目的用處不同，微信收款商業版針對於線下門店，以門店為核心，提供豐富的經營與營銷功能。個人版的收款小賬本針對於用個人二維碼收款的小商販，以個人為核心，提供基礎的經營與營銷功能。
3、涵蓋功能不同，個人版的功能都被商業版涵蓋了，並且商業版有許多「小賬本」沒有的功能。商業版的主要功能有收款記錄、支援信用卡付款、自動提現、多門店/多店員管理、官方營銷活動、手機掃碼付款、免費官方物料、收款語音播報、經營報表分析、商品貨架、積分會員。
演示機型：Iphone 12 系統版本：iOS14 APP版本：微信8.0.0 微信商家碼和個人碼都是以二維碼被掃的形式收錢，微信商家碼還可以配備實現主掃，如掃描槍、掃碼盒、刷臉裝置。且收款碼支援繫結信用卡使用者付款，個人碼不能使用信用卡支付，微信商家碼有收款自動語音報賬功能，個人碼沒有。
微信商家碼注意事項：顧客使用花唄或信用卡付款，按每筆訂單金額0.8%收取服務費，活動期間以活動展示為準，其他付款方式免收服務費。剛開通的使用者享有1000的免費額度，之後每收滿1位顧客即得30*係數元免服務費額度，如果擔心額度不夠，可以讓使用者在付款時儘量選擇其他方式，或者在小額度交易時多推廣花唄方式。
不得參與，協助花唄套現，一經發現立即關閉花唄收錢功能。花唄套現是違法行為，參與套現將面臨為違約責任追究，刑事犯罪的風險。
一、提現費用不同。支付寶商家碼所收款項提現免費，個人碼所收款項提現收費，按照提現金額的0.1%收取。
二、支援的收款方式不同。支付寶商家碼支援餘額支付、餘額寶支付、儲蓄卡支付、信用卡支付、花唄支付，個人碼支援餘額支付、餘額寶支付、儲蓄卡支付。
三、收款額度不同。支付寶商家碼收款無限制額度，個人碼收款存在每年20萬元的限制額度。
四、權益不同。支付寶商家碼商戶可以免費獲得100萬元安全險，個人碼收款者需要支付保險費用才能獲得資金保障。
自2018年2月10日開始，成功申請商家碼的使用者，透過商家碼二維碼、支付寶客戶端首頁的個人收款的二維碼、及其列印碼收錢免費，收入的資金，將享受收入資金同等金額的免費提現額度。
如果支付寶商家碼選擇使用花唄收款和信用卡收款，則會產生新的不同。支付寶商家碼花唄收款、信用卡收款，支付寶會收取交易金額0.8%的服務費。由於個人碼無此功能，所以個人碼沒有收款服務費。
使用者可以根據實際情況選擇商家碼或個人碼收款。