微波爐的加熱原理與物質結構關係緊密。微波是一種高頻率的電磁波。微波爐利用其內部的磁控管將電能轉化成微波，以2450兆赫茲的頻率振盪頻率穿透食物，食物內的極性分子，比如水，蛋白質，脂肪，糖類，即被吸引以2450兆赫茲的頻率做振盪，分子之間互相碰撞產生大量的摩擦熱量，微波爐就是利用這種分子本身產生的摩擦熱量快速加熱食物，因此加熱時間很短。
微波爐的加熱原理與物質結構關係緊密。微波是一種高頻率的電磁波。微波爐利用其內部的磁控管將電能轉化成微波，以2450兆赫茲的頻率振盪頻率穿透食物，食物內的極性分子，比如水，蛋白質，脂肪，糖類，即被吸引以2450兆赫茲的頻率做振盪，分子之間互相碰撞產生大量的摩擦熱量，微波爐就是利用這種分子本身產生的摩擦熱量快速加熱食物，因此加熱時間很短。
1、微波爐的加熱原理是以物料吸收微波能是物料中極性分子與微波電磁場相互作用的結果，在外加交變電磁場作用下，物料內極性分子極化並隨外加交變電磁場極性變更而交變取向，如此眾多的極性分子因頻繁相互間摩擦損耗，使電磁能轉化為熱能。
2、微波是一種高頻率的電磁波，其本身並不產生熱，在宇宙、自然界中到處都有微波，但存在自然界的微波，因為分散不集中，故不能加熱食品。微波爐乃是利用其內部的磁控管，將電能轉變成微波，當微波被食物吸收時，食物內之極性分子即被吸引以每秒鐘24億5千萬次的速度快速振盪，這種震盪的宏觀表現就是食物被加熱了。
在微波爐中加熱食物是非常安全的，能殺死食物中的細菌和病毒，而且能保留住食物中更多的營養。至於對人體，只要使用得當也不會有任何危害。但是，下面這些類食物是不能用微波爐加熱的：
1、忌將肉類加熱至半熟後再用微波爐加熱：因為在半熟的食品中細菌仍會生長，第二次再用微波爐加熱時，由於時間短，不可能將細菌全殺死。
2、忌再冷凍經微波爐解凍過的肉類：因為肉類在微波爐中解凍後，實際上已將外面一層低溫加熱了，在此溫度下細菌是可以繁殖的，雖再冷凍可使其繁殖停止，卻不能將活菌殺死。
3、忌超時加熱：食品放入微波爐解凍或加熱，若忘記取出，則應丟掉不要，以免引起食物中毒。
4、忌用普通塑膠容器：一是熱的食物會使塑膠容器變形，二是普通塑膠會放出有毒物質，汙染食物，危害人體健康。
5、忌長時間在微波爐前工作：開啟微爐後，人應遠離微波爐或人距離微波爐至少在1米之外。