旗艦店是商家以自有品牌入駐天貓開設的店鋪，稱為該品牌的“官方旗艦店”，專營店是經營天貓同一招商大類兩個及以上品牌商品的店鋪，稱為“專營店”；旗艦店是自有品牌企業，旗艦店所經營的品牌必須為申請天貓店鋪的企業所有或企業法定代表人所有，專營店的經營者必須是在中國大陸註冊的企業法人；旗艦店經營同一品牌，同一個一級類目下的所有產品，或者是經營多個自有品牌商品且各品牌歸於同一實際控制人，專營店經營兩個以上他人品牌商品，即經營他人品牌商品又經營自有品牌商品，能經營兩個及以上自有品牌商品。
旗艦店是商家以自有品牌入駐天貓開設的店鋪，稱為該品牌的“官方旗艦店”，專營店是經營天貓同一招商大類兩個及以上品牌商品的店鋪，稱為“專營店”；旗艦店是自有品牌企業，旗艦店所經營的品牌必須為申請天貓店鋪的企業所有或企業法定代表人所有，專營店的經營者必須是在中國大陸註冊的企業法人；旗艦店經營同一品牌，同一個一級類目下的所有產品，或者是經營多個自有品牌商品且各品牌歸於同一實際控制人，專營店經營兩個以上他人品牌商品，即經營他人品牌商品又經營自有品牌商品，能經營兩個及以上自有品牌商品。
品牌所屬情況上的區別。通常旗艦店是以自家本來就有的品牌來入駐商城的;但專營店指的是在大類商品下的品牌經營，同時又囊括了自營和別的品牌可以共同經營的特點。從經營範圍上來看，旗艦店是同一品牌、同一個一級類目下的所有產品，而專營店卻沒有明確規定。
旗艦店和專營店有什麼區別
從商標要求情況而言，旗艦店所要求的服務商標是商家自營品牌授權的，並且具有排他性，不允許品牌再經營不屬於自營品牌以外的品牌的;而專營店可以同時出具不同的品牌店鋪商標，對經營品牌的限制不大。
從定義上來看，旗艦店是商家已企業自有品牌入駐商城，而所開設的店鋪稱之為該品牌的“官方旗艦店”;而專營店是指企業在商城同一級類目下經營多個品牌，這類店鋪則稱之為“專營店”。
在經營主體上，旗艦店是自有品牌企業，也就是品牌須為申請開店的企業所有或企業法定代表人所有;但專營店是在中國大陸所註冊的企業法人。
官方旗艦店和專賣店區別為：性質不同、特點不同、商品不同。
一、性質不同
1、旗艦店：是指某一品牌在某城市中最大且最為豐富齊全的營業店。
2、專賣店：是指專門經營或授權經營某一主要品牌商品（製造商品牌和中間商品牌）為主的零售業形態。
二、特點不同
1、旗艦店：是有著規模化傾向的商業經營模式，這對產品線的要求是比較高的。
2、專賣店：銷售體現量小、質優、高毛利；採取定價銷售和開架面售；注重品牌名聲、從業人員必須具備豐富的專業知識，並提供專業知識性的服務。
三、商品不同
1、旗艦店：是某一品牌的實體商品，包配套的售後服務。
2、專賣店：是某一品牌的實體商品，包配套的售後服務和旗艦店相同。