1、大結局：明樓作為偽裝者繼續潛伏在上海為國效力。
2、他選中了他認為最有價值的明樓，推開明鏡，對明樓開槍，明鏡見狀急忙擋在前面，然後中彈倒地。 火車就要開了，明臺在大哥和垂死的大姐的命令下，不得不跳上火車。火車遠去，站臺上剩下了死了的明鏡、哭泣的明樓和阿誠。這個事件登在了第二天的報紙上，標題上是政府官員家屬不幸罹難。明樓和阿誠沒有暴露，作為偽裝者，繼續潛伏在上海為國效力。
1、大結局：明樓作為偽裝者繼續潛伏在上海為國效力。
2、他選中了他認為最有價值的明樓，推開明鏡，對明樓開槍，明鏡見狀急忙擋在前面，然後中彈倒地。 火車就要開了，明臺在大哥和垂死的大姐的命令下，不得不跳上火車。火車遠去，站臺上剩下了死了的明鏡、哭泣的明樓和阿誠。這個事件登在了第二天的報紙上，標題上是政府官員家屬不幸罹難。明樓和阿誠沒有暴露，作為偽裝者，繼續潛伏在上海為國效力。
《法醫秦明倖存者》大結局中，轟動一時的凌月案終於告一段落，原來兇手就是嚴謹，在抓捕嚴謹的過程中，林濤被他刺傷，幸好秦明及時制住嚴謹，才讓林濤轉危為安，詩羽順利透過實習，和林濤的感情有了進一步發展，秦明和王伶俐之間也收穫圓滿結局。
該劇根據秦明所著同名小說改編，主要講述法醫秦明、刑警林濤一起聯手破獲多起錯綜複雜案件的故事，《法醫秦明》的小說曾被翻拍成多部電視劇，與其他影視劇的幾集一個案件不同，《法醫秦明倖存者》的故事主要圍繞一個案件展開。
龍番市再度發生多起連環殺人案，死者都是女性，而且每人都丟失了一個身體器官，隨著調查的深入，秦明發現了盛有前女友凌月心臟的玻璃罐，塵封多年的記憶撲面而來，很明顯，這次案件所針對的人就是秦明。
凌月是秦明曾經的女朋友，後來被人殺害，丟失了心臟，警察一直未能抓獲兇手，這起案件也成了一樁懸案，當案件再度發生時，塵封多年的真相被層層揭開，凌月的死，器官的丟失，兇手的目的等重重謎團也逐漸有了答案。
嚴謹是秦明的師兄，誰都沒想到他會是連環殺人案的兇手，而他殺凌月的原因更是可笑至極，只因凌月在他失意落魄時給予他無微不至的關心，在他愛上凌月時卻發現凌月心中只有秦明一人，因此起了殺心。
當年秦明就是因為凌月的死才選擇成為法醫，如今凌月案已經告破，但對秦明來說，他對法醫這份職業已經有了感情，在生活上，他也選擇忘掉過去，展望未來，和一直陪伴在自己身邊的王伶俐走到了一起。
1、皇帝病情危急奄奄一息，陸小鳳帶著在金鵬王朝找到的藥材及時回宮救活皇帝，身在廟堂的皇太后得知皇帝平安無事解開蠱毒，感概萬分決定從此以後不再過問朝政之事，衛王不擇手段想當皇帝皇太后早已知道，因為一已私慾皇太后沒有阻攔衛王，衛王在皇太后的偏護下做盡壞事最終與金鵬王朝一起消亡。
2、皇帝重獲新生對陸小鳳和花滿樓以及阿信充滿感激，陸小鳳沒有領皇帝的封賞來到宮外與西門吹雪決鬥。西門吹雪的武功在江湖上首屈一指，陸小鳳為現任皇帝破解衛王造反陰謀一身輕鬆，西門吹雪執意跟陸小鳳決鬥，陸小鳳只得出手與西門吹雪決鬥，兩人功夫不相上下自有後人定奪。