主要有以下幾處不同點：
1、培養方向不同：學術型碩士教育以培養教學和科研人才為主，授予學位的型別主要是學術型學位。專業型碩士是克服學術型碩士的弱點，國家新增的培養特定高層次專門人才；
2、招生考試不同：全日制學術型碩士招生考試是1月份的“統考”。全日制專業型碩士的招生考試是1月份的“統考”。在職專業型碩士的招生考試是參加10月份的聯考；
3、學制不同：全日制專業型碩士一般2至3年，其中不少於半年的實習期；而全日制學術型基本上以學習理論為主，學制一般為3至5年。而在校的主幹課程基本上是完全一樣，生活、學習與導師培養方式等等都沒太大區別的；
4、文憑頒發不同：學術型碩士同時頒發學位和學歷證書。專業型碩士同時頒發學位和學歷證書。專業型碩士只頒發學位證書；
5、認可度不同：全日制學術型碩士和全日制專業型碩士，社會對這樣的畢業生的認可度非常高。在職專業型碩士：社會對這樣的畢業生的認可度低。
生物學碩與專碩的區別一、.從學制來說，專業碩士一般只要求2年即可畢業，其中不少於半年的實習期，重視操作能力；而學術型基本上以學習理論為主，學制一般為3年。二、.在校期間有五點區別的是:1、三助申請的崗位有區別，專碩的比較少；2、獎學金，同樣有a、b類。學術型的每個人都有獎學金，而專碩型，只有部分人有。也就是說有一部分人要自己出全部學費、（其實這是和學校有關係的，比方說武大，上海交大的專碩是全部有獎學金的。同濟特例！）；3、專碩研二要外出實習半年。這是必修的課程。（但是如果導師有專案就不要出去了，可以跟著導師做）；4、畢業論文，專碩既可以做學術型的論文，也可以做工程例項型的；5、專碩不能直博，考博正常。"三、至於就業，由於現在第一屆全日制應屆考取專業碩士的研究生還是研一，所以，沒辦法說誰好就業。專業碩士以後是主流，而且重實際能力也適合企業選拔人才的需要。
學碩的學習年限一般為3年；專碩的學習年限一般為2-3年。除此之外，學碩更偏重基礎理論的學習，重點培養學生從事科學研究創新工作的能力和素質；而專碩則以實際應用為導向，以職業需求為目標的。
碩士是一個介於學士及博士之間的研究生學位，擁有碩士學位者通常象徵具有基礎的獨立的思考能力。學術型研究生是碩士研究生一個分支，與專業碩士相對應。學術型研究生接受普通碩士教育以培養教學和科研人才為主的研究生教育，授予學位的型別是學術型碩士學位。
專業學位是相對於學術型學位而言的學位型別，其目的是培養具有紮實理論基礎，並適應特定行業或職業實際工作需要的應用型高層次專門人才。專業學位與學術型學位處於同一層次，培養規格各有側重，在培養目標上有明顯差異。