李善長被朱元璋滅族，並未留下後代。御史競相上奏彈劾李善長。而李善長的奴僕盧仲謙等，也告發李善長與胡惟庸之間互相賄贈，經常偷偷私語。證據確鑿，雖說李善長雖皇親國戚，但他知道有叛逆陰謀卻不揭發檢舉，而是徘徊觀望，心懷兩端，實為大逆不道。當時正好有人說將要發生星變，會有災禍發生，占卜的結果是災禍應當降臨在大臣身上。於是，太祖便連同其妻女弟侄等全家七十餘人一併處死。至於李善長之子李祺與公主被遷徙至江浦，過了一段時間後死去。幸運的是李祺之子李芳、李茂，因公主之恩未被牽累判罪。
李善長被朱元璋滅族，並未留下後代。御史競相上奏彈劾李善長。而李善長的奴僕盧仲謙等，也告發李善長與胡惟庸之間互相賄贈，經常偷偷私語。證據確鑿，雖說李善長雖皇親國戚，但他知道有叛逆陰謀卻不揭發檢舉，而是徘徊觀望，心懷兩端，實為大逆不道。當時正好有人說將要發生星變，會有災禍發生，占卜的結果是災禍應當降臨在大臣身上。於是，太祖便連同其妻女弟侄等全家七十餘人一併處死。至於李善長之子李祺與公主被遷徙至江浦，過了一段時間後死去。幸運的是李祺之子李芳、李茂，因公主之恩未被牽累判罪。
李善長善於調護諸將，因材用人，使之各得其所。朱元璋任太平興國翼大元帥，以李善長為元帥府都事，從克集慶。後樞密院改為大都督府，善長兼領大都督府司馬，升任行省參知政事。二十七年，朱元璋自立為吳王，以李善長為右相國。他嫻於辭令，明習故事,處理政務,裁決如流，將吏帖服，居民安堵；調兵轉餉無乏，恢復制錢，榷淮鹽，立茶法，開鐵冶，定魚稅，國用益饒，而民不困。吳元年，論功被封為宣國公。吳改官制，尚左，故李善長由右相國改稱左相國，居百官之首。曾與劉基等裁定律令。 作為“大總管”，李善長被朱元璋稱為“在世蕭何”。
他在朱元璋最式微的時候投奔而來，一直負責軍隊的糧餉供應。朱元璋曾特賜他一方鐵製的憑券，上面明寫著可以免除他兩次死刑、免除他兒子一次死刑的承諾，但最終，他還是由於一句話不慎，招惹滅族之災，全家70多口被滿門抄斬，朱元璋只免了他女兒女婿，也即公主附馬。
劉伯溫在故居病死的；李善長連同其妻女弟侄七十餘人於洪武二十三年被朱元璋處死。
洪武八年正月下旬，劉基感染了風寒，朱元璋知道了之後，派胡惟庸帶了御醫去探望。御醫開了藥方，他照單抓藥回來煎服用，覺得肚子裡好像有一些不平整的石塊擠壓在一起，讓他十分痛苦。洪武八年五月16日，劉伯溫病死於故居。武宗正德九年追贈太師，諡號文成，後人稱他劉文成、文成公。
洪武二十三年，以胡惟庸黨追問，朱元璋將李善長連同其妻女弟侄七十餘人一併處死，年七十六歲，南明弘光政權追諡襄愍