1、陽光明媚的一天，柯南（高山南 配音）、小蘭（山崎和佳奈 配音）以及少年偵探團的夥伴們隨同毛利小五郎（小山力也 配音）來到大阪，參加在當地舉行的“高中生皋月杯”百人一首和歌大賽。期間，他們還見到了彼此的好友服部平次（堀川亮 配音）和遠山和葉（宮村優子 配音）。
2、就在比賽進行中途，一封爆炸預告信送到電視臺，警方迅速行動起來組織疏散。疏散一半時，爆炸突然發生，結果平次與和葉被困在建築物中。而在一連串的混亂過後，一位皋月杯相關人員的屍體突然出現在眾人面前。迷離的案情再度引起柯南的注意……
1、陽光明媚的一天，柯南（高山南 配音）、小蘭（山崎和佳奈 配音）以及少年偵探團的夥伴們隨同毛利小五郎（小山力也 配音）來到大阪，參加在當地舉行的“高中生皋月杯”百人一首和歌大賽。期間，他們還見到了彼此的好友服部平次（堀川亮 配音）和遠山和葉（宮村優子 配音）。
2、就在比賽進行中途，一封爆炸預告信送到電視臺，警方迅速行動起來組織疏散。疏散一半時，爆炸突然發生，結果平次與和葉被困在建築物中。而在一連串的混亂過後，一位皋月杯相關人員的屍體突然出現在眾人面前。迷離的案情再度引起柯南的注意……
1、計時引爆摩天樓：新一收到了來自世界知名建築家，森谷教授於其宅邸舉行的晚會的請帖。柯南、小蘭和小五郎應邀出席，此即為事件的開端。此後發生了作為特殊火藥的塑膠炸彈大量失竊的案件，那個自稱兇手的男子打來預告電話，與柯南展開博弈，犯人再次向那裡打電話。隨後，兇手連續發來炸彈預告。城市陷入了恐慌。
2、迷宮的十字路：春天，櫻花的季節。東京、大阪、京都的5名男子遭到殺害。5人是屢次盜竊佛像、美術品的“盜賊團源氏螢”的成員，相互以義經和他的隨從的名字稱呼。警視廳的目暮警部一行人、大阪府警大瀧警部、京都府警綾小路警部開始聯合調查。與此同時，小五郎接到某個寺院的委託，與柯南等人一同到達了京都。東、西名偵探柯南、平次，齊心協力化解挑戰。
1、鈴木財團最新的高階酒店落成，小蘭（黑川智花 飾）、阿笠博士（田山涼成 飾）、柯南（藤崎直 飾；高山南 配音）、灰原哀（柴田幸花 飾；林原惠美 配音）受到園子（巖佐真悠子 飾）的邀請出席了隆重的開幕儀式。
2、與此同時，“日本小姐”評選大賽慶功宴也在酒店同期召開，可就在此前不久，針對日本小姐獲獎者壽可憐（奈都紀 飾）的威脅書送到了負責人的手中。當所有人都高度緊張的時刻，可憐突然失蹤，當她再次出現在眾人面前時，卻已被殺害，以提線木偶般的恐怖形象登場。
3、詭異的是，柯南和哀在吃了某個蛋糕後神奇地恢復成工藤新一（小栗旬 飾）和宮野志保（香椎由宇 飾）的本尊形象。他們一面要追查殺害可憐的真正凶手，一面要準備與躲在暗處的黑暗組織展開對決。