兩者的級別及職能不同。
檢察機關是代表國家依法行使檢察權的國家機關，其主要職責是追究刑事責任，提起公訴和實施法律監督。人民檢察院是國家法律監督機關，由同級人民代表大會產生，向人民代表大會負責並報告工作。檢察院與人民法院、政府並列，稱為一府兩院。其職權主要有審查批准逮捕、決定起訴並出席法庭支援公訴的職能。中國設立最高人民檢察院、地方各級人民檢察院和軍事檢察院等專門人民檢察院。
監察機關隸屬於各級人民政府，是各級人民政府行使監察職能的機關，是管理行政監察事務的行政機關。行政監察工作應當在國務院及地方各級人民政府的領導和管理下進行。行政監察工作是國家行政管理的重要內容和必要環節，也是國家機關內部監督的重要形式。為了保證行政監察職能正確的實現，國家在政府系統設立監察機關，依法對國家行政機關、國家公務員以及國家行政機關任命的其他人員實施監察，保障社會主義建設事業的順利發展。
監察機關的監察許可權：一是規定監察機關在調查職務違法和職務犯罪時，可以採取談話、訊問、詢問、查詢、凍結、搜查、調取、查封、扣押、勘驗檢查、鑑定等措施。根據《監察法》第十八條的規定，監察機關行使監督、調查職權，有權依法向有關單位和個人瞭解情況，收集、調取證據。有關單位和個人應當如實提供。監察機關及其工作人員對監督、調查過程中知悉的國家秘密、商業秘密、個人隱私，應當保密。任何單位和個人不得偽造、隱匿或者毀滅證據。二是被調查人涉嫌貪汙賄賂、失職瀆職等嚴重職務違法或者職務犯罪，監察機關已經掌握其部分違法犯罪事實及證據，仍有重要問題需要進一步調查，並有涉及案情重大、複雜，可能逃跑、自殺，可能串供或者偽造、隱匿、毀滅證據等情形之一的，經監察機關依法審批，可以將其留置在特定場所;留置場所的設定和管理依照國家有關規定執行。三是監察機關需要採取技術調查、通緝、限制出境措施的，經過嚴格的批准手續，按照規定交有關機關執行。
第一，適用物件不同。監察機關行使檢查權，適用物件是涉嫌貪汙賄賂、濫用職權、翫忽職守等職務違法和職務犯罪的公職人員。檢察機關行使偵查權，適用物件是涉嫌刑事犯罪或經濟犯罪的人員。第二，行使權利不同。監察機關行使調查權，檢察機關行使偵查權。第三，法律依據不同。監察機關調查權的法律依據是監察法；檢察機關偵查權的法律依據主要是刑事訴訟法。
法律依據
根據我國《憲法》第一百二十三條規定：中華人民共和國各級監察委員會是國家的監察機關。第一百三十四條規定：中華人民共和國人民檢察院是國家的法律監督機關。