第一，母乳性腹瀉可能是前列腺素E2引起，母乳中 “前列腺素E2”含量較高，其主要功用在於促進小腸平滑肌的運動，催生水分，增加電解質的產生，這會增加寶寶的排便次數，亦會使得便便呈現出稀溏狀。
第二，母乳性腹瀉可能是乳糖不耐受引起的，是指嬰兒體內缺乏“乳糖酶”，因為對母乳中的乳糖無法吸收。乳糖不耐受也分原發性和繼發性兩種。
第三，母乳性腹瀉可能是原發性乳糖不耐受引起的，如果是這種情況，則不需要改喂牛奶，嬰兒機體會漸漸適應，乳糖酶活性亦會增加，隨著輔食的新增就會逐漸好轉。另外需要注意，母乳餵養的媽媽在乳房吸空後不要讓嬰兒繼續吮吸，否則乳汁中脂肪含量增加可能引起脂性消化不良。
寶寶母乳性腹瀉要餵母乳可以口服乳糖酶製劑，對於嬰兒腹瀉不要停母乳，如果怕孩子繼發性乳糖不耐受。可以在餵母乳前口服乳糖酶製劑，然後再餵母乳。大便正常後繼續吃乳糖酶製劑2~3周，待其體內乳糖酶恢復正常。，
母乳性腹瀉症狀表現輕型病兒，大便次數約在每天10次左右，偶有嘔吐，病兒精神、面色都出常，尿的次數及量均不少。重型病兒，每天大便10-20次，大便呈稀"蛋花湯"樣，病兒陣陣哭鬧，尿少或無尿，出現脫水症狀，病兒精神萎縮，昏睡或昏迷不醒，病精繼續發展將出現血壓下降而休克。遷延型腹瀉病程達1個月以上，病情時輕時重，重時吐、瀉頻繁似重型腹瀉。但往往因病程拖延，病兒以慢性營養不良表現為主，伴有各部位繼發感染等。腹瀉為嬰幼兒的常見病、多發病，不論病情輕重，均需及時治療。輕型病兒如果久不治療，就會發展成遷延型腹瀉。重型病兒伴有水和電解質紊亂，必須及時送醫院救治，延誤就會發生生命危險。
一般比較輕的生理性腹瀉無需治療，可以繼續哺乳。這樣，嬰兒機體會逐漸適應母乳中的前列腺素，乳糖酶亦會逐漸發育成熟，酶的活性增加，逐步能夠分解、消化和吸收乳糖，並隨著增加輔食逐漸好轉。在飲食方面，可以喂鮮豆漿100毫升加5克葡萄糖代乳，對於生理性的腹瀉即可得到控制。豆漿餵養不宜長期單獨應用，宜逐步加魚蛋白。具體方法是用180毫升米湯衝調5克魚蛋白，一般嬰兒每日餵哺3頓即可。對於嚴重的母乳性腹瀉，應該進行治療。這樣的情況，一般可以使用中藥治療，我們經常使用的是健脾止瀉膠囊，根據年齡的大小不同劑量，可以將膠囊中的藥物祛除膠囊後沖服，同時也可以使用針灸的方法進行治療，效果很好。
小兒腹瀉時不僅排出水及電解質，而且也失去不少營養物質，理應及時加以補充。但進食後易嘔吐，無法達到目的，應根據病兒的病情調整餵養的方法。不論原來用什麼方法餵養，腹瀉後飲食的質與量均應減少。原為母乳餵養的，每次哺乳的時間應縮短。原為混合餵養者，可停喂牛奶或其他代乳品，單喂母奶。原為人工餵養者，牛奶量應減少，再加水或米湯衝稀些，也可單喂米湯，因米湯較牛奶容易消化吸收。原來已加喂的輔食，也應減量或暫時不喂。病兒腹瀉經過治療，病情漸好以後，也不能短時間恢復到原來的飲食，要慢慢新增，以免再次引起腹瀉。這裡所說的"慢加"，包括飲食質量的新增要從少量開始，不要加得太快、太多，加量不能天天加，頓頓加，不能指望在1-2天內恢復到原來飲食。如再次發生腹瀉，治療就更困難了。