就飾品而言瑪瑙比水晶要好，但是二者從化學角度看是共生關係。水晶是一種單晶體的寶石，已壞水晶就是一個單一的晶體，由二氧化矽組成。瑪瑙則屬於多晶質集合體寶石，如果把瑪瑙放到顯微鏡下你就會發現它實際上是由無數未下的二氧化矽類晶體組成的，可以想象成瑪瑙是無數細小的水晶組成的，所以瑪瑙往往是半透明的，水晶一般都是透明的。水晶是一種無色透明的大型石英結晶體礦物，它的主要化學成份是二氧化矽，跟普通砂子是“同出孃胎”的一種物質。當二氧化矽結晶完美時就是水晶，二氧化矽膠化脫水後就是瑪瑙，二氧化矽含水的膠體凝固後就成為蛋白石，二氧化矽晶粒小於幾微米時，就組成玉髓、燧石、次生石英岩。瑪瑙化學成分為SiO2，可含有Fe、Al、Ti、Mn、V等元素，呈現出各種顏色，呈同心圓狀和規則的條帶狀，可分為纏絲瑪瑙，條紋瑪瑙，苔紋瑪瑙，火瑪瑙，縞瑪瑙等。
雖然說水晶和瑪瑙的化學成分都是二氧化矽，但是水晶是石英結晶體，瑪瑙是多晶集合體。水晶的顏色一般比較淺，而瑪瑙的顏色自然純正，水晶的內部紋理呈棉絮狀，而瑪瑙內部有層狀的圓形條紋環帶。
1、晶體瑪瑙
水晶和瑪瑙化學成分都是二氧化矽，但是水晶是石英結晶體，瑪瑙是多晶集合體。水晶是由一個水晶整體組成，而瑪瑙是由無數個小的二氧化矽的晶體組成的，水晶的晶體是以瑪瑙為基礎的，一般有水晶的礦石就有瑪瑙。
2、顏色水晶
水晶的顏色一般較淺，呈透明狀，而瑪瑙的顏色自然純正，呈半透明狀。水晶的顏色有淺黃、淺黑色、褐紅色、粉紅色等，而瑪瑙的顏色有紅、黑、綠、藍等顏色，水晶的顏色透亮鮮豔，而瑪瑙的顏色是有漸變色的。
3.內部結構瑪瑙
水晶的內部有棉絮狀的紋理，而且不規則，大塊的水晶中還帶有少量的裂紋，如果將水晶做一個切口，斷口處油脂光澤。瑪瑙內部的紋理自然有規則，而且無雜質、無沙心、無裂紋，內部具有不同顏色的層狀圓形條紋環帶。
一般中檔偏下的水晶和瑪瑙的價格相當，但是好的水晶，瑪瑙是比不上的。水晶（rockcrystal）是稀有礦物，寶石的一種，石英結晶體，在礦物學上屬於石英族。主要化學成份是二氧化矽，化學式為SiO2。純淨時形成無色透明的晶體。當含微量元素Al、Fe等時呈粉色、紫色、黃色，茶色等。經輻照微量元素形成不同型別的色心，產生不同的顏色，如紫色、黃色、茶色，粉色等。含伴生包裹體礦物的被稱之為包裹體水晶，如發晶、綠幽靈、紅兔毛等，內包物為金紅石、電氣石、陽起石、雲母，綠泥石等。