目前，長江中下游已有湖北、江西、安徽、江蘇等省建立了6個江豚自然保護區。2005年，農業部撥專款350萬元給岳陽，籌建“岳陽東洞庭湖長江江豚市級自然保護區”。南京長江江豚省級自然保護區成立後，經南京市人民政府批准，成立南京市豚類自然保護區管理站、南京市豚類自然保護區管理站科研分站，江寧、浦口、棲霞、六合沿江四區相繼成立南京市豚類自然保護區管理分站，實現保護與管理工作全覆蓋。保護區採用和當地漁政部門合署管理方式，實行“一套人馬，兩塊牌子”。南京長江江豚省級自然保護區以基礎設施建設和規範化管理為重點，積極開展執法巡護、科研監測、科普宣傳、涉水工程監管、水域生態修復等各項工作，提升保護區的管理水平和管護效果，得到各級政府部門及社會各界的認可，在2016年度全國50多個省級水生生物自然保護區管理工作考核成績中名列第二。
1、北京松山國家級自然保護區：位於北京市延慶縣海坨山南麓，地處燕山山脈的軍都山中，總面積4671公頃，距北京市區90公里，距延慶縣城25公里。西、北分別與河北省懷來縣和赤城縣接壤，東、南分別與延慶縣張山營鎮佛峪口、水峪等村相鄰。
2、天津古海岸與溼地國家級自然保護區：位於天津市濱海地區，總面積35913公頃，1984年經天津市人民政府批准建立，1992年晉升為國家級，是經國務院批准建立的以由貝殼堤、牡蠣灘構成的珍稀古海岸遺蹟和溼地自然環境及其生態系統為主要保護和管理物件的國家級海洋型別區域。主要保護物件為貝殼堤、牡蠣灘古海岸遺蹟和濱海溼地。
3、河北昌黎黃金海岸國家級自然保護區：位於河北省東北部秦皇島市昌黎縣沿海，面積300平方公里，分陸域和海域兩部分，其中陸域面積91.5平方公里，海域部分面積208.5平方公里。保護區的主要保護物件為沙丘、沙堤、瀉湖、林帶和海洋生物等構成的沙質海岸自然景觀及所在海區生態環境和自然資源。
4、山西蘆芽山國家級自然保護區：地處山西省呂梁山脈的北端，寧武縣、五寨縣、岢嵐縣交界處，是以保護森林生態系統、珍稀動物褐馬雞為主的綜合性自然保護區。1997年經國務院批准為國家級自然保護區。保護區既是褐馬雞的集中分佈區，也是中國暖溫帶殘存的天然次生林分佈區中儲存最完整、分佈最集中的地區之一，儲存有大面積華北落葉林和大片的雲杉林。
5、內蒙古賽罕烏拉國家級自然保護區：位於內蒙古赤峰市巴林右旗北部，地理座標為東經118°18′-118°55′，北緯43°59′-44°27′。保護區總面積為10.04萬公頃。保護區始建於1997年，2000年，晉升為國家級自然保護區。內蒙古賽罕烏拉國家級自然保護區是一個以保護珍稀瀕危野生動植物及其賴以生存的森林、草原、溼地等多樣的生態系統為主的綜合性自然保護區。
1、北京松山國家級自然保護區：位於北京延慶縣海坨山南麓，1985年經北京人民政府批准建立，1986年晉升為國家級，主要保護物件為天然油松林為主的溫帶森林生態系統；
2、內蒙古科爾沁國家級自然保護區：位於內蒙古自治區興安盟科爾沁右翼中旗境內，1985年經興安盟公署批准建立，1994年升為自治區級，1995年晉升為國家級，主要保護物件為溼地珍禽及典型的科爾沁草原自然景觀；
3、內蒙古汗馬國家級自然保護區：1996年經國務院批准建立，國家級自然保護區，位於內蒙古自治區根河市境內，主