1、大結局劇情介紹：池子發來影片，大寶被關在一個水箱裡，依據水流的速度還有一個小時水就會淹沒大寶的鼻子。影片裡有光，是燈塔，秦明打車去燈塔集中的星龍海灘。
2、水箱裡的大寶只有微弱的意識，身邊的一個女子正在拿針頭取藥，轉身，大寶認出這是池子廚房餐廳的老闆娘，大寶意識到，一直陷害秦明的就是她。
3、池子威脅大寶，讓她打電話讓秦明來救她，大寶拒絕了池子，池子將藥注射到大寶身體裡，大寶再一次暈了過去。
4、已經在水中窒息的大寶被送進醫院，秦明一直守在她的病床邊。大寶漸漸醒來，看到守護她的秦明和林濤，說出的第一句話是“想吃煎餅加兩個雞蛋”，秦明和林濤長舒一口氣，沒想到大寶竟然又閉上眼睛，心跳驟停……
5、幾天後，大寶安然回到工作崗位，秦明抑制內心的欣喜，對大寶說，自己以為她死了。大寶已經習慣了秦明不會聊天的性格，並不以為然。這時，林濤接到了新的案件，“鐵三角”重出江湖……
《法醫秦明倖存者》大結局中，轟動一時的凌月案終於告一段落，原來兇手就是嚴謹，在抓捕嚴謹的過程中，林濤被他刺傷，幸好秦明及時制住嚴謹，才讓林濤轉危為安，詩羽順利透過實習，和林濤的感情有了進一步發展，秦明和王伶俐之間也收穫圓滿結局。
該劇根據秦明所著同名小說改編，主要講述法醫秦明、刑警林濤一起聯手破獲多起錯綜複雜案件的故事，《法醫秦明》的小說曾被翻拍成多部電視劇，與其他影視劇的幾集一個案件不同，《法醫秦明倖存者》的故事主要圍繞一個案件展開。
龍番市再度發生多起連環殺人案，死者都是女性，而且每人都丟失了一個身體器官，隨著調查的深入，秦明發現了盛有前女友凌月心臟的玻璃罐，塵封多年的記憶撲面而來，很明顯，這次案件所針對的人就是秦明。
凌月是秦明曾經的女朋友，後來被人殺害，丟失了心臟，警察一直未能抓獲兇手，這起案件也成了一樁懸案，當案件再度發生時，塵封多年的真相被層層揭開，凌月的死，器官的丟失，兇手的目的等重重謎團也逐漸有了答案。
嚴謹是秦明的師兄，誰都沒想到他會是連環殺人案的兇手，而他殺凌月的原因更是可笑至極，只因凌月在他失意落魄時給予他無微不至的關心，在他愛上凌月時卻發現凌月心中只有秦明一人，因此起了殺心。
當年秦明就是因為凌月的死才選擇成為法醫，如今凌月案已經告破，但對秦明來說，他對法醫這份職業已經有了感情，在生活上，他也選擇忘掉過去，展望未來，和一直陪伴在自己身邊的王伶俐走到了一起。
《法醫秦明2》中，韓天峰結局受到了法律的懲罰，韓天峰本名何世偉，他曾殺了自己的父親，從那之後便一直將自己當做正義的化身，還為自己取了個“清道夫”的名字，但其實，他所做的一切根本不是為了正義，只是為了滿足他自身的偏執而已。
清道夫案發生後，所有人都以為兇手是一名穿紅衣服的女人，但誰都沒想到，這個女人是韓天峰假扮的，他所做的一切都是為了針對秦明，他想將秦明變成另一個清道夫，最後結局時，在韓天峰的授意下，李偉宏綁架了陳詩羽。
韓天峰將秦明帶到天台，並將捅死步教授的刀遞給他，讓他殺了李偉宏成為清道夫，不過最後秦明並沒有這樣做，反而是韓天峰將李偉宏殺死了，之後他便轉身從樓上跳下去，幸好被秦明及時抓住，在關鍵時刻，林濤及時趕到救了眾人。
所有的一切，都是因為韓天峰小時候的經歷，這使他逐漸養成了扭曲的人格，連他口中的正義感都是扭曲的，清道夫的故事也告訴觀眾，這世界上，沒有任何一個人可以凌駕於法律之上，審判他人的生死，以暴制暴。