1、因分地糾紛而找村長理論的宋慈與劫富濟貧的江湖女賊唐思意外地捲入了謀殺村長的案中，被判死刑，後得到新知縣宋翊及熟悉驗屍的馬貴相助，沉冤得雪。宋翊聘宋慈為忤作，兩人合作屢破奇案，聲名大噪。唐思因宋翊救命之恩，暗生情愫，但宋翊已與聶楓發展感情。這時一名長相與宋翊一模一樣的人突然出現，原來假宋翊為求功名，將真宋翊推下山崖冒名頂替，做起了知縣，後又攀附權貴，拋棄聶楓而娶富家女藍彩蝶為妻，豈料藍家早已外強中乾，負債累累。
2、假宋翊感到彩蝶是他的負擔，故設計陷害。其奸險面目漸漸表露，但他每次行兇時均非常謹慎，都要徹底毀屍滅跡。宋慈無計可施之際，意外地發現了真宋翊的屍體，經過艱苦地調查取證，在唐思和聶楓的幫助下，最終懲戒了兇手，伸張了正義。
1、大結局：宋慈為免連累眾人，寧回獄中等候處決並著手編撰《洗冤錄》流傳後世。
2、彩蝶不堪刺激割脈自盡，幸聶楓及時救她。聶楓到義莊找宋慈，見他意志消沉，勸他不可放棄。唐思為開解宋翊，特地邀請他遊湖、茗茶。宋慈想通一切並與聶楓研究藥理圖找新證據。宋誠試探宋翊後對他生疑，併到舊居回想往事，正欲移開天井花盆之際卻遭宋翊下毒手，並將現場造成意外失火一般。
3、宋慈循宋誠留下的線索，在天井下找到一具腐屍，相信這才是真的宋翊。宋慈欲以「滴血驗骨法」驗證宋翊身分，卻失敗，還被收押監房。宋翊告訴唐思不願留在傷心地，唐思提議保薦他上京。
4、宋慈從聶楓所送之牛骨湯想出滴血驗骨法失敗原因。心如向薛丹表白愛意，更鼓勵他再考取功名，薛丹信心大增。彩蝶聽信宋翊之言，作假證供指宋慈為主謀，宋慈被判秋後處決。 眾人冒險劫獄救宋慈，宋慈避至義莊，在米鋪腐屍衫中發現新證據。宋慈為免連累眾人，寧回獄中等候處決並著手編撰《洗冤錄》流傳後世。
《洗冤集錄》是中國古代法醫學著作。由南宋長期擔任司法官史宋慈著，刊於宋理宗淳佑七年編成。全書共二卷，內分53項。同時也是世界上現存第一部系統的法醫學專著。它比國外最早由義大利人菲德利斯寫的法醫著作要早350多年。《洗冤集錄》內容非常豐富，記述了各種毒物和急救、解毒方法等十分廣泛的內容，它區別溺死、自縊與假自縊、自刑與殺傷、火死與假火死的方法，至今還在應用，它記載的人工呼吸法，迎日隔傘驗傷以及銀針驗毒、明礬蛋白解砒霜中毒等都很合乎科學道理。
《洗冤集錄》於1779年最早由法國人介紹節譯，1855年英國醫生哈蘭的英譯本在香港出版，1863年荷蘭人德格里茲在巴達維亞出版荷蘭文翻譯本，1924年漢學家翟理思在倫敦出版第二種英譯本，1999年德田隆翻譯、西丸與一監修的日文翻譯本出版。現共有英、法、荷、德、韓、日、俄、匈八國語言版本，影響世界各國法醫學的發展極為深遠。