1、Kane美國大兵Kane，已婚，妻子叫Lena。Lena是大學生物教授，細胞研究方面的專家。Lena也是一名戰士，兩人在參軍的時候認識並相愛。外星顆粒墜落在美國海岸邊的一座燈塔內，形成Shimmer，並且範圍不斷擴大。政府成立組織Southern Reach（後簡稱SR）將附近的居民遷移走，並開始派遣一波又一波的隊伍進入Shimmer研究。同時，Kane因為長期外出執行軍事任務，妻子寂寞難耐，出軌大學的同事“黑人叔叔”。這件事情沒有瞞得住Kane，但是嘴上Kane並沒有什麼，只是默默的忍受，裝作什麼都沒有發生。但是不由自主地對Lena越來越疏遠。倆人的關係出現裂痕。Lena也知道Kane其實知道了這件事情，心中非常悔恨。終於，SR在一波又一波的派遣隊之後，找到了Kane，並安排他跟其他大兵一起進入Shimmer進行第11次探索。Kane答應了任務——因為對妻子的背叛深深地傷害，所以心灰意冷，並不在意Shimmer中的危險，打算“自我毀滅”。以前每次執行任務，Kane都會告訴Lena是去哪裡，做什麼任務，但這一次，Kane什麼都沒有說就離開了。Kane跟戰友們進入了Shimmer，發生了一系列的事情，其中有個戰友發現自己的腸子在肚子裡蠕動，Kane用軍刀切開了他的肚皮，發現真的腸子會動。這一幕也用攝像機記錄了下來，並將記憶體卡放在一個袋子裡，等待後來的人發現。這個戰友後來自己爆炸了，血肉鋪滿了一整個牆壁。其他戰友也都死掉了，沒有走出Shimmer。Kane歷經艱險，終於來到了中心——燈塔。用攝像機拍下了奇異的畫面。更詭異的是，在這座燈塔裡，Kane被克隆了另一個自己出來，他整個人奔潰了。加上身體發生著奇怪的變化，痛苦不堪忍受。在身體和精神的雙重摺磨之下，他用磷彈自殺了。自殺的一幕，還有克隆出來的Kane02都被攝像機拍下來了。Kane02合上攝像機，然後走出了Shimmer，跟隨自己的感覺，回了家……
2、LenaKane離開去了SR的探索之後，Lena還是會不定期地跟黑叔約會，但是隨著時間的推移，丈夫一直沒有回來。可能是死了，也可能是因為發現她的出軌不再回來。Lena變得越來越焦躁，到處打聽自己丈夫的訊息。同時，因為不斷產生的愧疚感，打算跟黑叔斷絕來往，彌補過錯。黑叔找她參加聚會，她也不拒絕了。說要“重新粉刷房間”，“重新粉刷房間”意味著她逃避自己的出軌事實，讓房間煥然一新，也許就不會回憶起這個事。刷房間的過程中，丈夫回來了，一臉懵逼，說不清自己“到底經歷了什麼”。丈夫突然吐血抽搐，Lena趕緊叫了救護車。送醫過程中，被軍方強制劫持。
3、神秘組織SR醒來後來到了神秘組織SR，心理專家告訴了Lena關於Shimmer的事情，她丈夫的狀況是因為進入Shimmer之後出來所以才這樣，目前正在救治，不確定能不能救好。Lena也在SR認識到了幾個計劃第12次進入Shimmer的女性，分別有醫學專家、物理專家、地貌專家，還有心理專家。Lena為了救治自己的丈夫，彌補自己對他的虧欠，決定一同前往。其實都是心理專家下的套，她作為心理專家，知道Lena想要什麼，SR需要一個生物學家和戰士，Lena是很好的人選。Lena對除心理專家之外的人，隱瞞了Kane是自己丈夫的事情。
4、第12次探索5個人一起進入了Shimmer，發生了各種奇怪的事情，所有的科學知識好像都在這裡不受用，匪夷所思。訊號發不出去、奇怪的植物和動物……。他們推測，這是因為Shimmer將所有東西折射了，所以才出現了這麼多紊亂的現象和東西。在一個基地裡，找到了之前Kane和戰友帶過的基地，還有那個記憶體卡，看到了被“切腹”的戰友。晚上，Lena檢視自己的細胞，發現折射的推斷是對的。地貌專家被熊襲擊，拖走，她的一部分意識——最後死亡的恐懼，滲入了這隻熊的大腦，可以發出“救我”的聲音，這變成了它誘捕人類的技能！第二天，Lena發現地貌專家的屍體大家都身體發生的不同程度的奇異變化。Lena的左手上開始出現“咬尾蛇”紋身。有一個晚上，醫學專家綁架了全部人，發現了Kane原來是Lena的丈夫，認定Lena是“死騙子”，地貌專家也是Lena害死的，因為她沒有看到熊，也沒有看到屍體。就在這時，外邊想起了地貌專家的呼喊聲“救我！”醫學專家心想“咦？沒死！”，然後衝了出去打算救人，結果被熊襲擊了，死心理專家想趕緊治好自己的癌症，提前出發去燈塔。物理專家一直對生命不留戀，幾度想自殺。現在身體也出現異樣，決定順從自然地死去。最後，只剩下了Lena……
5、燈塔Lena獨自走到了燈塔，看了之前Kane留下來的影片內容，發現原來Kane已經死了，而之前看到的是克隆出來的Kane02。在被外星顆粒撞擊產生的黑洞中，發現了心理專家，因為身體變異，她的眼睛已經消失了。也有說法是這是克隆後的她，眼睛還沒有生成。我更相信是前者，因為如果剛克隆出來，原來的那個人應該還在，而克隆出來的人應該還是“一臉懵逼”的狀態。所以這個眼睛消失的應該還是心理專家本人。她說，有個東西進入了她的身體，很快他就要湮滅了。隨著一聲“變~身~”，哦，不是，“湮滅”！心理醫生化作了一團東西，這團東西吸收了Lena的血液，運用她的DNA克隆出了另一個Lena，Lena02剛剛出生，智力低下，跟著Lena蹣跚學步，Lena接近要崩潰了，她要殺掉這個自己。於是拿起了Kane沒用完的磷彈，給了Lena02，心想“這個玩具很好玩的！”Lena02接過磷彈，“臥槽！起火了！”出於本能，想回到孃胎離去，結果把孃胎也一起燒掉了，Lena逃出Shimmer，回了SR的基地。
6、第六章：尾聲SR基地的人詢問逃回來的Lena，隊伍在Shimmer中發生了什麼，隊友哪去了Lena說了以上的故事。當問到“它”目的何在時，再一次強調了它“沒有動機”！Lena見到了Kane02，他的身體已經無礙。但他已經不再是他。