營改增對所得稅有影響，營改增後可扣除的流轉稅減少，可扣除的成本費用減少。營改增之前，企業繳納的營業稅可以在企業所得稅稅前全額扣除。營改增之後，企業繳納增值稅不能在稅前扣除，應納稅所得額增加。這是營改增對企業所得稅最明顯，也是最簡單的影響。營改增之前，企業支付的運費或其他勞務費用，可以作為企業的成本費用在稅前扣除。“營改增”之後，企業支付的運費或其他勞務費用，由於可以抵扣增值稅進項稅額，包含進項稅額的那部分，就不能再作為成本費用在企業所得稅前扣除。
營改增對所得稅有影響，營改增後可扣除的流轉稅減少，可扣除的成本費用減少。營改增之前，企業繳納的營業稅可以在企業所得稅稅前全額扣除。營改增之後，企業繳納增值稅不能在稅前扣除，應納稅所得額增加。這是營改增對企業所得稅最明顯，也是最簡單的影響。營改增之前，企業支付的運費或其他勞務費用，可以作為企業的成本費用在稅前扣除。“營改增”之後，企業支付的運費或其他勞務費用，由於可以抵扣增值稅進項稅額，包含進項稅額的那部分，就不能再作為成本費用在企業所得稅前扣除。
試點納稅人提供旅遊服務，可以選擇以取得的全部價款和價外費用，扣除向旅遊服務購買方收取並支付給其他單位或者個人的住宿費、餐飲費、交通費、簽證費、門票費和支付給其他接團旅遊企業的旅遊費用後的餘額為銷售額。
選擇上述辦法計算銷售額的試點納稅人，向旅遊服務購買方收取並支付的上述費用，不得開具增值稅專用發票，可以開具普通發票。
根據《中華人民共和國增值稅暫行條例》第八條規定，一般納稅人購入農產品，下列憑證可以抵扣進項稅額：
1、增值稅專用發票；
2、海關進口增值稅專用繳款書；
3、農產品收購發票或者銷售發票。
此外，《浙江省國家稅務局關於印發〈浙江省農業產品收購業務增值稅管理辦法(試行)〉的通知》（浙國稅流〔2006〕40號，以下簡稱管理辦法）第十二條也給出了關於農產品抵扣憑證的規定：
收購企業收購農業產品，應憑下列合法憑證進行抵扣：
1、出售方屬於一般納稅人的，憑出售方開具的增值稅專用發票抵扣；
2、出售方屬於農業產品生產單位（包括農民專業合作社）或小規模納稅人（包括個體經營者）的，憑出售方開具的普通發票抵扣；
3、出售方是農業生產者個人的，憑收購企業自行開具的收購發票抵扣；
4、出售方依法不需要辦理稅務登記的企事業單位和個人，偶然發生增值稅應稅行為，憑出售方所在地主管國稅機關開具的《稅務機關代開統一發票》抵扣。