1、在安布雷拉公司的老巢，蜂巢的巨大地下遺傳研究中心時暗藏著某種可怕的事情，在這裡聚集著神秘的生物工程學家。一種致命的病毒爆發了，並快速地傳播著。
2、紅後一臺控制和監視著整個蜂巢的超級巨型計算機把整個中心都封閉了起來，甚至包括很小的漏洞，殺死了所有被困在裡邊的工作人員。
3、暫時失憶的艾麗斯在自己的浴室中醒來，先後遇到了埃裡克·馬比斯與雷恩等人組成的特遣隊。特遣隊逮捕了埃裡克·馬比斯，帶著他和愛麗絲進入蜂巢並關閉紅後。
4、然而，隊員們很快發現這些工作人員們並不是真正地死去了。他們已成為徘徊在“蜂巢”內貪婪的像殭屍一樣的活死人。人們一旦被他們咬一口或被他們抓傷就會受到感染，甚至立即變成他們一類的人。
1、故事發生在2004年，即《生化危機2》六年後，由於各新聞媒體爭相報導安布雷拉公司在萊肯市的地下研究所，製作的T-病毒早前洩漏導致陷入生化的危機。連串的負面新聞導致公司股票價格筆直暴跌。美國聯邦政府在各國政府的壓力下暫停安布雷拉公司的業務，其後公司便宣告破產，所有地下研究中斷，T-病毒的傳播得以停止。
2、這次的主角是在《生化危機2》中到萊肯市的警察，現為美國總統直接統率的最高機密組織成員的里昂·斯科特·肯尼迪。里昂今次被派遣到歐洲某個（推測為西班牙或蘇格蘭）神秘村莊，受命拯救格林漢姆總統被拐去的女兒阿什莉·格林漢姆（Ashley Graham）。在拯救的途中他發現阿什莉的綁架者是一個神秘的宗教團體，名叫“Los Illuminados”（西班牙語：照亮的道路。勿與Illuminati混淆），教主是奧斯穆德·薩德勒（Osmund Saddler）。
3、進入村莊後在村莊的房間救出了一個神秘男子路易斯·賽拉（Luis Sera），就是這個時候村長位元羅斯·門德斯（Bitores Mendes）出現，里昂跟村長交手可謂不堪一擊，里昂及路易斯都被擊暈了。同時，奧斯穆德出現，並且在里昂身上注射了寄生體“Las Plagas”。里昂醒過來的時候在山谷的另一邊，從路易斯口中得知阿什莉正在被關在村內的教堂 他跟路易斯避開村民的襲擊後，路易斯便獨自逃去。里昂回到村莊的教堂救出了阿什莉，並且利用強大武器擊倒了村長，於是離開神秘村莊，一心等待美國聯邦政府派來的直升機，但是大量村民趕到，於是里昂帶著阿什莉進了一座古堡。
4、里昂跟阿什莉遇上了堡主雷蒙·薩拉查（Ramon Salazar），堡主在地下礦場利用村民發掘寄生體Las Plagas並且供給Los Illuminados。在這期間，路易斯找到了能夠協助里昂及阿什莉解開身上的寄生體的藥物及寄生體樣本，原來他曾經是Los Illuminados的研究員，然而奧斯穆德·薩德勒卻在關鍵時刻出現奪走了樣本，並把路易斯殺害。其後里昂重遇了艾達·王，他在《生化危機2》後已經得知艾達是威斯克（Albert Wesker）派來的間諜，所以他對艾達的再次出現充滿懷疑，但被艾達逃去。里昂始終很關心這個埋藏在心中的女子。艾什莉被薩拉查捉了及送到遙遠的有軍事設施後，里昂擊倒了薩拉查後再次遇上艾達，艾達詢問英俊的里昂需不需要送他一程，里昂以尷尬的表情回答。
《生化危機1》劇情：
1、故事發生在安布雷拉（保護傘）公司的生物工程實驗室——“蜂巢”裡，數百名遺傳學、生物工程學專家正在進行一項科學研究，一種病毒突然爆發了並迅速傳播著，而超級計算機“火焰女皇”為了控制病毒不讓其外洩到地面上，將蜂巢全部封閉，病毒很快感染了所有的工作人員。
2、以艾麗絲、瑞恩和馬特為首的一個救援小組接到命令後來到了蜂巢，他們必須帶領著特遣隊員們將這種已毀滅了蜂巢所有人員的病毒隔離起來。然而，隊員們很快發現這些工作人員們並不是真正地死去了。他們現在已成為徘徊在蜂巢內恐怖的喪屍。人們一但被他們咬傷或被抓傷就會受到感染，甚至立即變成喪屍。
3、面對著幾乎無法控制的局面，幾百個四處走動極具攻擊性的喪屍，和更神秘的險惡力量，救援小組的隊員怎樣才能脫離困境並阻止病毒繼續擴散呢？