益生元(Prebiotics)是這樣一種物質:它是一種膳食補充劑，透過選擇性的刺激一種或少數種菌落中的細菌的生長與活性而對寄主產生有益的影響從而改善寄主健康的不可被消化的食品成分(GibsonandRoberfroid，1995)。成功的益生元應是在透過上消化道時，大部分不被消化而能被腸道菌群所發酵的。最重要的是它只是刺激有益菌群的生長，而不是有潛在致病性或腐敗活性的有害細菌。
益生元(Prebiotics)是這樣一種物質:它是一種膳食補充劑，透過選擇性的刺激一種或少數種菌落中的細菌的生長與活性而對寄主產生有益的影響從而改善寄主健康的不可被消化的食品成分(GibsonandRoberfroid，1995)。成功的益生元應是在透過上消化道時，大部分不被消化而能被腸道菌群所發酵的。最重要的是它只是刺激有益菌群的生長，而不是有潛在致病性或腐敗活性的有害細菌。
益生元指一些不被宿主消化吸收卻能夠選擇性地促進體內有益菌的代謝和增殖，從而改善宿主健康的有機物質。由於益生元不能被人體分解、吸收和利用，透過消化道到達結腸後，有的能被結腸群分解和利用，而促進結腸菌群的生長，在改善腸道微生態、 促進脂質、蛋白質與礦物類代謝方面具有重要意義，所以愈來愈廣泛地被應用於食品、飼料等領域中。
益生元和益生菌的區別如下。
1、成分上的不同
益生菌是有生物活性的細菌，益生元主要是無生物活性的糖類物質。
益生菌即有益菌，簡單來講，益生菌是指對人和動物有益的細菌，以雙歧桿菌為代表。益生菌透過調理腸道菌群，維持腸道菌群的平衡，從而促進營養物質的吸收、提高免疫力、預防和治療便秘及腹瀉、降低血脂、抑制腸道病源和腐敗微生物的生長，分解致癌物質等。人和動物體內有益的細菌或真菌主要有：雙歧桿菌、乳酸菌、酪酸梭菌、嗜酸乳桿菌、酵母菌等。
益生元主要是不能被宿主消化吸收的低聚糖類。通俗來講，益生元是不能直接被宿主（人體）消化吸收，而是維持益生菌的“養料”， 促進益生菌的生長繁殖，或者說是益生菌的專享食物。益生元能夠被腸道內有益細菌分解吸收，促進有益細菌的生長繁殖。例如，低聚果糖和低聚半乳糖，就是能夠促進腸道內雙歧桿菌等腸道益生菌生長的優質益生元。
2、作用方式不同
益生元是促進腸道有益菌的生長從而發揮間接作用，益生菌是直接作用。
益生元主要是低聚糖，是以未經消化的形式進入胃腸道，透過降低PH值，促進雙歧桿菌等益生菌的生長，間接地促進胃腸道健康和營養素的吸收。
益生菌是外源細菌，作用更直接。但是，它有較明顯的針對性，即針對不同的病因及體質，新增不同的菌種，如雙歧桿菌對胃腸道疾病有顯著功效等。
3、受胃酸環境的影響不同
在胃部強酸性的環境下，益生菌作為新增的外來細菌，其活性在一定程度上會受到胃酸的破壞，只有活著進入胃腸道的有益菌才能發揮功效；而益生元只是一種糖類，而不是生物，不存在存活率的問題。
4、免疫系統識別不同
免疫系統對於由外部而來的益生菌有識別的過程，當外部新增益生菌時，不同體質可能會產生不同的反應，而對於益生元來說則沒有這方面的問題。如果要長期調養腸胃的話，建議選擇不會產生免疫反應的益生元。
5、生產和儲存工藝不同
益生菌菌株存活環境要求高，對生產和包裝工藝都有很高標準要求，益生菌的載體最好是片劑、膠囊和粉末。益生菌產品必須低溫冷藏儲存，這樣才能最大限度地保持其中活性益生菌的數量。如乳酸製品中的益生菌，一般保質期在1個月內，冷藏溫度控制在2~10℃左右。而益生元的生產和儲存的工藝則沒有這方面的嚴格要求。