1、發行制度不同：科創板為註冊制；新三板註冊公司提交掛牌申請材料後，全國股轉公司會有針對性的提出詢問，對企業的硬性量化指標僅需經營滿兩年。
2、交易方式不同：科創板在交易所內交易，屬於場內交易；新三板為全國中小企業股份轉讓系統，屬於場外市場。
3、對投資者要求不同：科創板開通具備兩年以上投資經驗，總資產要達到50萬元；新三板開通要具備兩年以上投資經驗，個人金融類資產500萬元。
而且科創板和新三板一樣，同屬於場外交易市場，但與新三板不同，科創板將重點面向尚未進入成熟期但具有成長潛力，且滿足有關規範性及科技型、創新型特徵中小企業。
科創板與創業板的區別，主要在上市制度和上市條件上。
上市制度不同
上交所將要設立的科創板，將會試點執行註冊制，和美國的納斯達克差不多。而創業板和主機板市場一樣，企業上市實行的是稽核制，需要證監會拍板。
上市條件不同
創業板上市，有各種各樣的上市限制，比如企業每年要達到一定的盈利標準、資產規模要足夠、要符合同股同權等等。科創板上市沒有這些傳統的上市限制，科創企業上市更加方便。
科創板的上市條件主要是對企業的創新實力、所處行業有要求，對盈利能力方面的要求比創業板低。
科創板支援的是已經有一定規模，但是還未盈利的中小型科技創業企業。企業規模方面，科創板主要是以“市值+收入”、“市值+收入+現金流”等多套財富標準，來對上市的科創企業做要求。
1、目前而言A股打新只要中籤基本可以穩賺不賠。其中一個主要原因就是，新股發行市盈率在23倍以下。但科創板打新就不相同了，管理層可能不會對新股發行價進行視窗指導。科創板新股發行價格、規劃及節奏主要經過商場化方法決議，強化商場束縛。
2、科創板新股假如沒有23倍市盈率的限制。定價將由買賣雙方博弈形成，科創板新股發行價可能會相對比較公平合理。推高發行價的要素，首要是發行人要素。發行人期望發行價越高越好，保薦組織子公司參加新股戰略配售，並設限售期，之前的A股保薦組織與發行人的利益同盟關係將從根本上得到改變，保薦人期望發行價越低越好，否則，發行價過高可能導致配售股票呈現虧本，虧本額乃至超過保薦收入。
3、一級市場發行價會受多方博弈的影響。因而科創板新股呈現發行價過高的機率不大。從二級市場看，科創板完善了做空機制。一二級商場是相互影響、聯動開展的，假如二級商場被爆炒，打新收益就會可觀，詢價物件就勇於報出更高價格，倒逼新股發行價格走高，令科創板新股發行價再現“三高”現象。一旦發行價遠離內涵價值，就會孕育巨大商場風險，並壓縮一二級商場差價，呈現一二級商場價格倒掛現象，乃至呈現新股上市破發的現象，打新收益被壓縮乃至呈現虧本。
4、假如科創板新股堅持市場化發行原則。市場主體的風險與收益根本對等，打新呈現暴利的機會將較小，甚至會呈現負收益的可能。據統計，在全球主要資本商場，發行首日跌破發行價的份額近50%。因此，無論是合格投資者，還是需借道投資科創板的散戶，對科創板的打新收益不宜抱以過高期待。