按照《機動車交通事故責任強制保險條例》的規定，因違章發生的交通事故保險公司是賠償的，穿拖鞋開車出交通事故，保險公司是會賠償的，但該司機要接受交警對其穿拖鞋開車的處罰。
雖然因違章發生的交通事故保險公司是賠償的，但以下這些情況保險公司會拒賠：
1、私有車輛用做營業用途（俗稱黑車）；
2、保險車輛肇事逃逸；
3、駕駛員飲酒、吸毒、被藥物麻醉後駕車發生保險事故；
4、無有效駕駛證的；
5、所駕車輛與駕駛證上準駕車型不符的；
6、持軍隊或武警部隊駕駛證駕駛地方車輛；
7、持地方駕駛證駕駛軍隊或武警部隊車輛；
8、駕駛員持審驗不合格的駕駛證；
9、公安交通管理部門規定的其他屬於無有效駕駛證的情況。
開車闖紅燈發生交通事故後，保險公司是否賠償，可以先確定保險公司的免責條款。
車主發生道路交通事故，造成受害人的財產損失，有以下情形保險公司不承擔賠償責任：
1、駕駛人未取得駕駛資格，或者醉酒肇事的。
2、被保險機動車被盜搶期間肇事的。並且，這種情況下，原車主不承擔賠償責任，應該由直接的肇事者進行賠償。
3、被保險人故意製造道路交通事故的。比如為騙取保險金，故意製造交通事故，那麼一旦被認定為故意，也將不能予以理賠。
所以，根據以上，車主闖紅燈違章發生車禍並不是保險公司免責的法定事由，一般來說，車主發生交通事故，在交強險限額內就由保險公司承擔。
超出交強險限額，雙方按各自責任大小承擔。雙方承擔賠償後，再向商業保險公司理賠。
【法律依據】
《道路交通安全法》第九十條規定，機動車駕駛人違反道路交通安全法律、法規關於道路通行規定的，處警告或者20元以上200元以下罰款。本法另有規定的，依照規定處罰。
我國的道路交通事故處理程式規定，一般情況下，出車禍後，在責任限額範圍內先讓承保交強險的保險公司進行賠償。不足的部分再由商業三者險的保險公司進行賠償。如果還有不足的，按道路交通安全法和侵權責任法，由侵權人進行賠償，被侵權人或其近親屬請求承保，交強險的保險公司優先賠償精神損害的，人民法院應該支援。
法律依據
《中華人民共和國道路交通事故處理程式規定》第九十條規定，公安機關交通管理部門受理調解申請後，應當按照下列規定日期開始調解：(一)造成人員死亡的，從規定的辦理喪葬事宜時間結束之日起；(二)造成人員受傷的，從治療終結之日起；(三)因傷致殘的，從定殘之日起；(四)造成財產損失的，從確定損失之日起。公安機關交通管理部門受理調解申請時已超過前款規定的時間，調解自受理調解申請之日起開始。公安機關交通管理部門應當自調解開始之日起十日內製作道路交通事故損害賠償調解書或者道路交通事故損害賠償調解終結書。