生活細胞的原生質膜具有半透性（選擇透性），能選擇性地吸收外界（有用）物質，而死亡的細胞則喪失了這一能力。一般染料不是細胞生活所需要的物質，因而不能進入生活細胞內。根據這一原理，人們可以利用染料染色法來鑑定種子的生活力：有生活力的種子，胚部細胞不讓染料進入，因而不被染色；而喪失生活力的種子，其胚部細胞原生質膜喪失了選擇透性，染料可自由進入細胞內，從而使胚部染色。因此，可根據種胚是否被染色來判斷種子的生活力。
生活細胞的原生質膜具有半透性（選擇透性），能選擇性地吸收外界（有用）物質，而死亡的細胞則喪失了這一能力。一般染料不是細胞生活所需要的物質，因而不能進入生活細胞內。根據這一原理，人們可以利用染料染色法來鑑定種子的生活力：有生活力的種子，胚部細胞不讓染料進入，因而不被染色；而喪失生活力的種子，其胚部細胞原生質膜喪失了選擇透性，染料可自由進入細胞內，從而使胚部染色。因此，可根據種胚是否被染色來判斷種子的生活力。
革蘭氏染色法的原理是革蘭氏陽性菌和陰性菌在化學和生理性質上差別比較大，染色體的反應也不一樣，一般陽性菌和碘和結晶紫的複合物結合比較牢固，不容易脫色，而陰性菌的結合相對比較弱，容易脫色，這是導致染色反應的主要依據。
細菌經過鹼性燃料結晶紫染色，後經過碘液進行媒染，然後用酒精脫色，在一定的條件下，有的細菌媒染後，顏色不被脫去，有的會被脫去，因此會把細菌分成兩類，不被脫去的被稱為革蘭氏陽性菌，脫去的則被稱之為革蘭氏陰性菌。脫色後可以在用紅色染料進行復染，陽性菌是紫色，陰性菌則被重新染上了紅色。很多有芽孢的桿菌和大部分的球菌，還有放射菌以及真菌杜輝呈現革蘭氏正反應，而弧菌、螺旋體以及大多數的致病性無芽孢桿菌則呈現出副反應。
PAS染色法的原理：過碘酸能使細胞內的多糖乙二醇基氧化成二醛，再與Schiff氏液的無色品紅結合，紅色，定位於胞漿上。
PAS染色法在組織學上，主要用來檢測組織中的糖類。過碘酸把糖類相鄰兩個碳上的羥基氧化成醛基，再用Schiff試劑和醛基反應使呈現紫紅色。