腳註和參考文獻是不重合的，參考文獻不用解釋，就是參考過的或者直接引用的文獻，做出標註，一般寫於文章末尾，腳註一般寫於每一頁的最後，腳註主要運用於對數字或者某句話或者某個詞語的詳細解釋，主要是文中無法說清某個詞語，或詳細解釋某個詞語影響文章閱讀的情況下，要腳註說明。例如，學而時習之，不亦說乎，腳註就是對這句話的解釋，學到了知識或本領，並有時間有機會去不斷地實踐它，不也是件快樂的事，參考文獻就是論語學而。
腳註和參考文獻是不重合的，參考文獻不用解釋，就是參考過的或者直接引用的文獻，做出標註，一般寫於文章末尾，腳註一般寫於每一頁的最後，腳註主要運用於對數字或者某句話或者某個詞語的詳細解釋，主要是文中無法說清某個詞語，或詳細解釋某個詞語影響文章閱讀的情況下，要腳註說明。例如，學而時習之，不亦說乎，腳註就是對這句話的解釋，學到了知識或本領，並有時間有機會去不斷地實踐它，不也是件快樂的事，參考文獻就是論語學而。
論文腳註和參考文獻不要寫得一樣，腳註就是可以附在文章頁面的最底端的，對某些東西加以說明，印在書頁下端的註文。參考文獻是在學術研究過程中，對某一著作或論文的整體的參考或借鑑。徵引過的文獻在註釋中已註明，不再出現於文後參考文獻中。按照字面的意思，參考文獻是文章或著作等寫作過程中參考過的文獻。然而，按照GB/T7714—2005《文後參考文獻著錄規則》的定義，文後參考文獻是指：“為撰寫或編輯論文和著作而引用的有關文獻資訊資源。”根據《中國學術期刊（光碟版）檢索與評價資料規範（試行）》和《中國高等學校社會科學學報編排規範（修訂版）》的要求，很多刊物對參考文獻和註釋作出區分，將註釋規定為“對正文中某一內容作進一步解釋或補充說明的文字”，列於文末並與參考文獻分列或置於當頁尾地。
腳註和參考文獻的區別：
參考文獻是作者撰寫論著時所引用的已公開發表的文獻書目,集中列表於文末；腳註主要包括釋義性註釋和引文註釋,一般排印在該頁地腳或集中列於文末參考文獻表之前。
腳註，是漢語詞彙，漢語拼音為就是可以附在文章頁面的最底端的，對某些東西加以說明，印在書頁下端的註文。腳註和尾註是對文字的補充說明。腳註一般位於頁面的底部，可以作為文件某處內容的註釋；尾註一般位於文件的末尾，列出引文的出處等。