1、翼手目可以分為兩個亞目：大蝙蝠亞目（食果蝠）和小蝙蝠亞目（食蟲蝠）。蝙蝠類動物全世界共有16科185屬962種，中國約有7科30屬120種。
2、大蝙蝠亞目，體型一般較大。眼大，視覺好，能在弱光下不依賴回聲定位飛行。吻較長。以花果為食。僅1科。
3、狐蝠科，有42屬166種，分為2個亞科：狐蝠亞科（Pteropodinae）和長舌狐蝠亞科（Macroglossinae）。分佈於舊大陸熱帶、亞熱帶地區，以東南亞和非洲種類最多。中國有5屬7種，見於華南區，包括臺灣和海南省。均為植食性，其中大型的種類多以果實為食，小型種類主要食花蜜。夜行性遠距離飛行覓食，有時可達15公里。主要靠嗅覺發現食物。僅棕果蝠等少數屬有超聲定位功能。大型者多聚居，小型者多獨棲。終年繁殖，或集中在9-11月間，翌年2月產仔。最多每年1胎，每胎1-2仔。飼養條件下可活20年。
4、小蝙蝠亞目，多數體型較小。眼小，回聲定位系統發達。吻較短。以食昆蟲為主，少數食花果或吸血。包括15科。
5、鼠尾蝠科，有1屬3種。分佈於亞洲南部到非洲北部。無鼻葉的中小型的蝙蝠。最顯著的特徵是有非常長的尾巴，是所有蝙蝠中尾巴最長者，幾乎和身體等長。食蟲性。比較適應乾旱和半乾旱的環境。
6、凹臉蝠科（混合蝠科），僅1屬1種，即凹臉蝠（混合蝠）（Craseonycteris thonglongyai）。於1973年發現於泰國西部。體長僅3釐米左右，體重不到2克，是最小的翼手目動物，但翼展卻有17釐米。口鼻部略似豬鼻，無鼻葉，耳大而有隆起的耳屏，無尾。以昆蟲為食。
7、鞘尾蝠科，有13屬46種。廣佈於世界熱帶、亞熱帶地區。無鼻葉，尾部被尾膜包裹而尾尖突出在尾膜上，故名。喉部有可以分泌芳香分泌物的小囊，用以吸引異性。適應多種不同生活環境，但是一般不遠離樹木，主要食昆蟲，有時也食果實作為補充。
8、假吸血蝠科（巨耳蝠科），僅4屬5種。分佈於非洲至大洋洲。體大，無尾，鼻葉發達，耳大而圓。原認為吸血，因而引人注意，現知其食肉，以其他蝙蝠、蜥蜴、小鼠等為食，故名。
9、菊頭蝠科，有10屬129種，包括2亞科：菊頭蝠亞科（Rhinolophinae）（1屬63種）和蹄蝠亞科（Hipposiderinae）（9屬66種）。主要分佈於世界熱帶和亞熱帶地區，少數分佈於溫帶。因有結構比較複雜的馬蹄形鼻葉而得名，蹄蝠類稍弱，從鼻孔而非從嘴中發出聲納，耳朵較大但沒有耳屏。常不同種十幾只或幾十只叢集共居一個山洞，季節性出現同性群。不畏光，不甚畏人。捕食蚊、鱗翅目昆蟲。
10、兔唇蝠科，僅1屬2種。分佈於拉丁美洲的。體強壯。兔唇蝠Noctilio leporinus又稱猛犬蝠，食魚蝠，以食魚著稱，是僅有的以魚為主食的蝙蝠。口鼻部尖而沒有鼻葉，耳朵大而有小的耳屏，爪子鋒利，可以抓住長達10釐米的小魚，也能用爪子捕捉昆蟲。
11、髯蝠科（妖面蝠科），有2屬8種。分佈於美國亞利桑那州到巴西之間。無鼻葉，但唇和頰有複雜的皮褶，下唇似盤狀膨大，耳很大並有複雜的耳屏。食蟲性，其嘴部結構可能有助於捕食昆蟲，喜群居，常在洞穴中結成大群。包括妖面蝠屬（怪臉蝠屬）（Mormoops）和裸背蝠屬（Pteronotus）。
12、葉口蝠科，有50屬139種，分為8個亞科：葉口蝠亞科（Phyllostomatinae）、長舌蝠亞科（Lonchophyllinae）、狹葉蝠亞科（Brachyphyllinae）、花葉蝠亞科（Phyllonycterinae）、長舌葉口蝠亞科（Glossphaginae）、短尾葉口蝠亞科（Garolliinae）、尖皮蝠亞科（Stenodermatinae）、吸血蝠亞科（Desmodontinae）。分佈於南美洲。鼻葉發達，有耳屏。體型和習性多樣化。食性複雜，包括食蟲、食果實或花蜜、食肉甚至吸血者。吸血蝠亞科的3種吸血蝠有時也單列為吸血蝠科Desmodontidae，是陸生脊椎動物中僅有的吸血的成員，常在地面用四肢靈活行走。
13、長腿蝠科（筒耳蝠科），僅1屬5種。分佈於南美洲。體型較小，體長僅3～5.5釐米。兩鼻孔接近，無鼻葉；耳朵大而呈漏斗型，有厚而彎曲的耳屏。四肢和尾均細長，尾被尾膜所包裹。雄蝠額頭上有一個鱗莖狀的分泌腺，其功能不明。食蟲性，居住在多巖洞地區。
14、煙蝠科（狂翼蝠科），僅2屬2種。分佈於中美洲到南美洲西北部。體較小，體長約4～6釐米。拇指退化而包裹在翼膜中。無鼻葉，耳朵呈漏斗狀，有小的耳屏。食蟲性，居住在巖洞中。
15、盤翼蝠科，僅1屬2種。分佈於拉丁美洲從墨西哥南部到巴西森林中。體較小，體長僅3.4～5釐米拇指和腳踝處各有一個吸盤，用以吸附光滑的樹葉和樹幹。無鼻葉，耳朵呈漏斗狀並有大的耳屏。棲息於捲曲的樹葉中。
16、吸足蝠科，僅1屬1種，即吸足蝠（Myzopoda aurita）。分佈於馬達加斯加島。拇指和腳側處特化為吸盤。耳朵尾巴均長，耳屏方型，和耳朵前緣相融合。與盤翼蝠形態和習性相似，是趨同近化的結果。
17、蝙蝠科，有36屬316種，分為5亞科：彩蝠亞科（Kerivoulidae）、蝙蝠亞科（Vespertilioninae）、管鼻蝠亞科（Murinidae）、長翼蝠亞科（Miniopteridae）、裂豆蝠亞科（Tomopeatidae）。有耳屏，無鼻葉，但有些種類有褶皺，尾通常被尾膜包裹。多為食蟲性，個別種食魚。分佈於較寒冷地區的種類有冬眠或者遷徙的習性。
18、短尾蝠科（髭蝠科），僅1屬2種分佈於紐西蘭。其中強壯短尾蝠（Mystacina robusta）已滅絕，現僅存短尾蝠（髭蝠）（Mystacina tuberculata）。嘴上有濃密的觸鬚，尾部短，耳朵大，耳屏長而狹窄。是所有蝙蝠中最常在地面活動的種類，可以靈活的用四肢在地面行走。食蟲，也食果實和花蜜。
19、犬吻蝠科，有12屬79種。廣佈於世界熱帶、亞熱帶地區，少數分佈在溫帶。吻寬闊，有些種類嘴唇有褶皺，沒有鼻葉。尾長，部分露於尾膜之外，略似鼠尾。翅膀扇動頻率比其他多數蝙蝠更快，飛行迅速。多數種類高度群居性，結成大群居住在巖洞、樹洞甚至建築物中。