影片劇情承接《諜影重重2》中莫斯科的激烈車戰，隨著伯恩來到巴黎、倫敦、馬德里、丹吉爾到最後的紐約市，而CIA則會派出更強、更冷血的殺手追殺伯恩。
影片劇情承接《諜影重重2》中莫斯科的激烈車戰，隨著伯恩來到巴黎、倫敦、馬德里、丹吉爾到最後的紐約市，而CIA則會派出更強、更冷血的殺手追殺伯恩。
影片主要講述了馬特·達蒙飾演的患有極端記憶喪失的男主角傑森·伯恩，試圖在逃避美國中央情報局追殺的同時發掘出自己的真實身份。
劇情詳解：一隻漁船在海上打撈上一個奄奄一息的男子，在救治過程中，發現男子身中數槍，並有刀痕。奇怪的是從臀部取出一個晶片，上面有瑞士蘇黎士銀行的一個帳號。在船員們精心的照料下，男子雖然身體康復，但是他已經失去了往日的記憶，不知自己是誰，叫什麼名字！船在西班牙停泊後他前往瑞士蘇黎士。由於沒有證件只好睡在公園的長椅上，被執勤的警察叫醒，只想睡覺的他對警察的糾纏忍無可忍，動手打倒了警察。這時他發現自己不但武功高強，而且還會說多國語言。這令他莫名其妙，與此同時，CIA（中央情報局）部署的一個被稱為絆腳石的計劃正在執行中，但是派出去的幹員與CIA失去了聯絡，CIA十分焦急。男子來到蘇黎士銀行寫下了那個神秘的賬號，按一切程式檢測完畢以後，銀行把保險箱拿給了他。開啟保險箱後，他驚呆了，一把手槍、多國鈔票、六國護照和一個巴黎的住址，而且六本護照上寫的都是同一個名字——傑森·伯恩，這一切使他陷入了冒險的旅途。
《諜影重重4》劇情講述了艾倫·克勞斯參加了政府的基因試驗，最後與負責試驗的女科學家瑪泰博士攜手展開逃亡，兩人將會揭開絆腳石”計劃的冰山另一角。
傑森·伯恩事件引起連鎖反應，踏腳石（Treadstone）計劃以及CIA用藥物控制強化特工的行徑透過報紙公之於眾，令其幕後人物坐立不安。為了阻止滿盤皆輸的局面出現，CIA高層決定中止該計劃，並將相關特工人員以及科學家從行動中抹殺。在此後的日子裡，那些深藏在國家政治最底層、依靠藍綠藥丸執行各種絕密任務的特工相繼殞命，而負責染髒雙手的執行人——前美國空軍上校艾瑞克·貝爾（愛德華·諾頓 Edward Norton 飾），正慢慢將屠刀伸向隱藏在位於阿拉斯加崇山峻嶺、暴雪深山中的特工艾倫·克勞斯（傑瑞米·雷納 Jeremy Renner 飾）。
突如其來的炮火襲擊令艾倫意識到自己所處的危險境地，在之後的日子裡，他不僅要在昔日同伴的追殺中求生，還必須設法找到那曾為他提供源源不斷體能和智力的藍綠藥丸……