1、首先是花姐和老三他們為什麼要離開。結論：老三他們早就出賣了張麻子，而花姐也是黃四郎安插在張牧之身邊的奸細。花姐本身是黃四郎身邊的女僕，她受黃四郎照應才能在鵝城安穩地生活。
2、黃四郎為了腐化張牧之的隊伍，讓花姐打入了他們內部，爭取把老二和老三納入麾下。但是因為老二是同性戀，所以花姐沒能誘惑得了老二，只把老三拿下了。這也是為什麼身懷絕技悄悄出城的老二會被假的山賊殺死，屍體還被吊了起來。老三和花姐一方面已經出賣了張牧之，另一方面又因為張牧之的能力實在太強，最後還是扳倒了黃四郎。
3、花姐和老三認為自己的出賣行為早晚會東窗事發，所以才決定早日脫身，夥同其他同伴一起前往上海，只剩下了張牧之一個人。他們離開鵝城也是為了避免張牧之的復仇，同時也是為了逃出張牧之的掌控，到真正的花花世界裡逍遙自在。
最後，老二、六子、夫人、師爺都死了！結尾之處，張牧之費盡千辛萬苦終於打敗了黃四郎，本來可以是大團圓的結局，然而，花街、老三他們都走了，只剩下縣長形單影隻 的背影，孤獨寂寞冷！火車遠去，姜文又聽到那首《送別》，接著是久石讓給《太陽照常升起》的那段配樂，天地空曠，孤身前行！
結尾張麻子的部下，包括那姑娘，其實都在戰鬥中犧牲了。生別可以道別，死別往往沒有機會，再說，哪裡會有一戰成功後就給老大說拜拜，自作主張要散夥的。而張麻子是多麼留戀這些弟兄，所以他在想象中和他們一一道別，所以他說“下次不要不辭而別了”。
姜文對魔幻現實主義的表現手法駕輕就熟。最後的馬拉火車，是虛幻的，和片子最前面的真實火車對應。葛優出現在火車尾部一晃而過，也說明了這是趟“靈魂列車”，張麻子的戰友們都犧牲了。頭銜雖然是土匪，張麻子他們其實幹的事實質是革命。
火車依舊是那個火車，車上的人卻變了開頭的馬拉火車，結局還是馬拉火車。表示什麼？火車還是一樣的，但是裡面的人卻不一樣了。車上坐的，是跟著張麻子一起出生入死的兄弟們。他們去哪兒？浦東，浦東就是上海，上海就是浦東。張麻子問兄弟們為什麼不回山裡。不自在？見過了繁華哪裡還願意回去當土匪啊！
張麻子最後對著花姐的那個動作：革命者不僅要和對手鬥爭，還要警惕自身啊！解釋：封建專制永遠都是封建專制，只不過是皇帝換了換而已。
1.張東昇可能是個不孕不育的男人
張東昇在回家後，看到妻子抽菸後問她：“不是都戒了嗎，怎麼又抽上了？”
所以，他的妻子曾經是為了某件事戒過煙的。一個已婚女性，很可能就是為了備孕而戒菸。只是，後來沒有備孕成功。為什麼沒有成功？原因很可能出在張東昇身上。他在講課的時候，經常用手撐住腰，而一下課，就要喝下一大杯水，顯得非常疲勞。再加上他年紀不大，卻掉頭髮掉到禿頂，種種特徵總結起來，張東昇很可能是不孕不育。他和妻子的婚姻關係破裂，也許和這方面原因有關係。
2.張東昇謀殺妻子早就有暗示
朱朝陽和媽媽說笛卡爾與公主的故事時，他說笛卡爾的死有兩個結局，一個版本說，他愛上了公主，卻被國王流放死於獄中。另外一個版本，公主根本不喜歡他，笛卡爾也不是死於獄中，而是死於背叛。下一刻，鏡頭就切換到張東昇的妻子。這也暗示著，他的妻子背叛了他，而她也會死於背叛，被張東昇殺死。
3.普普的弟弟其實早就死了
普普和嚴良出現在朱朝陽的家裡，是因為他們從福利院逃了出來。他們需要湊夠三十萬，去救普普的弟弟，這才有後面的一系列事情。可是，普普天天掛在嘴上的弟弟，卻從來沒有真正出現過。唯一一次出現，是在普普的幻想中，他和爸爸媽媽在一起。但是，普普的爸爸媽媽早就已經去世了。她的弟弟和爸爸媽媽在一起，很有可能暗示，弟弟也已經死了。普普要拿三十萬，只是為了她自己。
4.朱朝陽並沒有把嚴良當好朋友
嚴良說朱朝陽是他小時候最好的朋友，但在朱朝陽的心裡，並沒有把他當做真正的朋友。在剛開始嚴良帶著普普找上門的時候，他其實並不願意他們留宿在自己家裡。他表面上什麼都沒有說，卻在暗地裡悄悄藏好家中的財物還用一根頭髮絲卡在衣櫃門縫，用來檢查有沒有人開過櫃門，拿過東西。小心翼翼，處處提防，這樣的行為可不是對好朋友會有的態度。他和張東昇真的很像，同樣的心思縝密，又自私自利，這樣的人很容易會走向黑化
5.朱朝陽有意縱容普普欺負朱晶晶
很多觀眾都覺得是普普和嚴良兩個野孩子帶壞了朱朝陽。比如，因為普普去找朱晶晶茬，才引發了後面的一連串麻煩。其實，我們和普普一樣，都被朱朝陽牽著鼻子走了。當他們在少年宮門口看到朱晶晶時，普普說：“那是欺負過你的小孩嗎，我看過她的照片。”朱朝陽並沒有說這是他的妹妹，也沒有出手阻止，只是默默地說，我沒事，我先走了。他知道，以普普的性格很可能會找對方麻煩，他很聰明地撇清了關係，又讓這一切朝著他自己所希望的方向發展。
6.朱朝陽樂於見到朱晶晶的死
朱朝陽過生日的時候，和普普、嚴良一起聚會，他們吹蠟燭，吃蛋糕，畫面一派喜慶洋洋。可他的爸爸，此時卻在公安局中，和警察討論女兒屍體的火化問題。兩個場景反覆交替著，一邊是生的歡樂，一邊是死的哀痛。無論是不是朱朝陽推下去的，他妹妹的死多多少少都和他有關係。而在朱晶晶屍骨未寒，他父親傷心欲絕的時候，他卻笑著地對朋友說：“望我以後都能像現在這麼開心。”這也許在暗示，朱朝陽對於朱晶晶的死是樂見其成的。這個女孩以後再也不能搶走他的爸爸了，所以他才感到特別開心。
7.朱晶晶可能是被朱朝陽推下去的
普普的信是很關鍵的資訊。
她說，要幫他保守秘密，並且連嚴良也不知道。那會是什麼秘密？連嚴良也不能知道？如果是朱晶晶自己摔下樓，這件事嚴良是知道的。那只有一個可能，朱晶晶其實是被朱朝陽推下去的。他們在撒謊，而普普一直為他保守秘密，這樣就說得通了。所以，朱晶晶母親的直覺很可能是對的，她女兒真的是被朱朝陽殺死的。