《越獄》共有5季，從第一季中邁克爾·斯科菲爾德的哥哥林肯·巴羅斯被認定犯有謀殺罪被投入了FoxRiver監獄的死囚牢，由此拉開了整部整個劇情的序幕。
邁克爾-斯科菲爾德在完成了最後一幅刺青第二天，持槍搶劫了一家銀行。被捕後他非常合作地承認了罪行，法官因此同意了他的要求，判處邁克爾在芝加哥近郊的福克斯河監獄服刑五年。邁克爾被安排在A樓40號牢房，室友菲爾南多-蘇克雷自告奮勇向他介紹監獄的各色人物，但是邁克爾只想見到一個人：被判死刑的哥哥林肯-巴羅斯。但是要接近林肯就必須進入監獄工廠工作，而工廠掌握在昔日的黑幫老大、今日的監獄風雲人物約翰-阿布茲的手中。邁克爾告訴前來探監的律師維羅妮卡別在他的案子上耗費時間，林肯是被誣陷的，他沒有謀殺副總統的弟弟，如果她仍念及昔日與林肯的戀情，就應該盡力查明事件真相。遠在華盛頓特區，特別探員黑爾和克勒曼對林肯的死刑感到擔憂，因為主教邁克莫羅打算替林肯爭取緩期執行。阿布茲接到手下傳來的訊息，有人知道了令他入獄的證人的下落，而在監獄的醫療室，薩拉醫生髮覺邁克爾對注射胰島素的反應非常奇怪，邁克爾立刻要求犯人便條替他去弄偽裝成I型糖尿病患者所需的藥物。
邁克爾-斯科菲爾德在完成了最後一幅刺青第二天，持槍搶劫了一家銀行。被捕後他非常合作地承認了罪行，法官因此同意了他的要求，判處邁克爾在芝加哥近郊的福克斯河監獄服刑五年。
邁克爾被安排在A樓40號牢房，室友菲爾南多-蘇克雷自告奮勇向他介紹監獄的各色人物，但是邁克爾只想見到一個人：被判死刑的哥哥林肯-巴羅斯。但是要接近林肯就必須進入監獄工廠工作，而工廠掌握在昔日的黑幫老大、今日的監獄風雲人物約翰-阿布茲的手中。邁克爾告訴前來探監的律師維羅妮卡別在他的案子上耗費時間，林肯是被誣陷的，他沒有謀殺副總統的弟弟，如果她仍念及昔日與林肯的戀情，就應該盡力查明事件真相。遠在華盛頓特區，特別探員黑爾和克勒曼對林肯的死刑感到擔憂，因為主教邁克莫羅打算替林肯爭取緩期執行。阿布茲接到手下傳來的訊息，有人知道了令他入獄的證人的下落，而在監獄的醫療室，薩拉醫生髮覺邁克爾對注射胰島素的反應非常奇怪，邁克爾立刻要求犯人便條替他去弄偽裝成I型糖尿病患者所需的藥物。
1、第1集：1942年夏秋之交，抗日戰爭正是焦灼之時，離慈水縣城不遠的郊外，一隊日本人假扮八路軍在街上胡作非為。這一事件引起了慈水縣八路軍獨立團團長楊全儒和蔡政委的重視，透過情報得知是日本人所為，由此團長下令全軍戰備阻擊日軍，並擅自決定將慈水縣秘密兵工廠新造出的一批來不及運出的武器，全部用於本部隊戰鬥。重慶中央大學，古怪的心理學女教師向海音連日來陷入昏迷式的沉睡狀態，這引起了同事王老師的擔憂，向海音的未婚夫——數學系教授孔方，是數學邏輯學的天才。廣播裡傳來孔方的家鄉——慈水縣的訊息，八路軍利用新研製武器對抗日軍136旅團的戰報，孔方對這則新聞表示不滿，他認為透過這則新聞可以確定兵工廠位置。而真正令孔方憂慮的是日軍136旅團的少將橫尾闊，他知道此人熟讀《孫子兵法》，是個中國通，孔方相信橫尾闊能推斷出兵工廠位置。
2、第2集：孔方給學生們上數學課，但大家卻無心向學，紛紛表示要用自己的方式投身抗戰，孔方告訴大家數學和邏輯更能幫助他們實現抱負，並用幾次推理讓學生們心服口服。向海音來到醫院求醫生再給她多開一些藥，遭到醫生拒絕。
3、第3集：慈水縣，橫尾闊被孔記糧行門匾上的幾個大字吸引，想認識店老闆，店老闆正是孔方的父親孔良豐。而此時孔良豐正和巡街的日本兵周旋，處境十分危險，橫尾闊的到來化解了一場危機。正如孔方所料，橫尾闊在蒐集太行地區地圖，組織測繪小組介入，目標直指虎頭山兵工廠。虎頭山兵工廠內，特務連連長孔圓正帶著弟兄們喝酒吃魚，由於長期呆在虎頭山，兄弟們戒備渙散，指導員羅有仁批評了孔圓，孔圓不以為意。