雅各布安排艾米麗戴上假髮，坐在沙發中守株待兔。被關在另一個房間的莎拉已經看清楚，雅各布就是個思想偏激的瘋子。雅各布承認為了佔有莎拉，才把邁克爾派去葉門。名義上是解救阿布·拉馬爾，實際是讓邁克爾去送死。莎拉堅信邁克爾會打敗這個瘋子，可她也不想坐以待斃。抱著最後的希望，她將從邁克爾那聽到的事情都說了出來，包括雅各布殺害哈倫副局長，並栽贓邁克爾。在場的梵聽到此言心中一驚，雅各布惱羞成怒，用膠帶封住了莎拉的嘴，這更讓梵起了疑心。
隨後雅各布假裝離開，引邁克爾潛入窺探，艾米麗見邁克爾中計，舉槍對準邁克爾。就在此時，梵擋在艾米麗面前。對於哈倫副局長的死，必須問清楚並將邁克爾交給聯調局處理。艾米麗卻執迷不悟，開槍射殺礙事的梵。邁克爾趁機抱起麥克逃進車庫，讓麥克先去找守在外面的林肯叔叔，他自己則堵住門。艾米麗正待衝進車庫，被掙脫束縛的莎拉從背後打暈。但是從車庫跑出來的邁克爾和莎拉遠遠看見麥克被折返回來的雅各布接上了車，再想追上去，已晚了一步。邁克爾拉著莎拉連忙跑到轉彎處，這才發現林肯中彈倒在車裡。幸好傷勢雖重，卻無性命之憂。將林肯送到醫院，在警方趕來調查前，二人匆忙離開。
雅各布將麥克帶到了自己在大學的辦公室，在那裡，梭羅正在抓緊破解邁克爾身上紋身的秘密。為了穩住麥克，雅各布欺騙不知內情的麥克，謊稱莎拉已經死亡。而殺死莎拉的兇手正是被通緝的恐怖份子卡尼爾·烏提斯。看著電腦螢幕上的通緝令，麥克相信了這些謊言。當邁克爾打來電話，要求雅各布交出麥克時，麥克反而對著電話，大聲讓邁克爾滾開。
邁克爾沒想到雅各佈會對麥克進行洗腦，用謊言矇蔽年幼的麥克。他決定反擊，莎拉去醫院確保林肯平安；已從密歇根湖帶回鮮血的茶包哥和維普則去找另一張雅各布還不知道的王牌；邁克爾自己則要前往雅各布的老巢。
這邊邁克爾在安排行動，那邊雅各布也在追蹤邁克爾的手機。梭羅查出邁克爾的手機在郊外，不遠處就是北紐約州動物園。那裡是莎拉最喜歡帶麥克去的地方，雅各布曾多次發現邁克爾躲在暗處看著自己的妻子和兒子。正當雅各布和艾米麗趕到動物園搜尋邁克爾蹤跡時，梭羅打來電話，邁克爾手掌上的眼睛紋身已經破解出來了，是拿破崙的名言“永遠不要在敵人犯錯時打斷他們”。雅各布這才意識到中了調虎離山之計。
此刻邁克爾正站在雅各布的辦公室門外，紋身的秘密並不在手掌，而是在手背。只見他雙手捂臉，手背上紋的雅各布臉型成功騙過了面部識別系統。邁克爾拿到了伺服器上的硬碟，掌握了21真空組織的全部秘密，但雅各布手裡有麥克，二人似乎都奈何不了對方。於是在電話裡，邁克爾和雅各布約定次日下午五時在船塢見面。
而莎拉在醫院裡並沒有見到林肯。原來林肯執意出院，來到了盧卡的倉庫。這一次他叫來了真正的緝毒組，為自己報了一箭之仇。雖然沒見到林肯，莎拉卻有意外收穫。幾乎同時被送到醫院的梵就在重症監護室，他躺在病床上，喉嚨被切開插著呼吸機。梵此刻已無法說話，他掙扎著拿起筆寫下了安置麥克的地點。
茶包哥和維普順利的在汽車旅館找到了邁克爾所說的王牌，“藍色夏威夷人”。“夏威夷人”只是綽號，他最擅長的就是重建場景。邁克爾執行任務時，在監獄裡認識了他。出於憐憫救他出獄，現在到了他發揮特長的時間。
各人的任務都已完成，在老地方碰頭時，林肯也來了。最後決戰的時刻終於來臨。
次日，邁克爾與雅各布在船塢見面。雅各布有恃無恐，仍拒絕交出麥克。當邁克爾掏出槍後，艾米麗出現，迫使邁克爾將手槍交給了雅各布。哪知維普意外出現，可馬上就被艾米麗射傷並繳械。躲在暗處的茶包哥見兒子受傷，一時緊張衝了出來。遠處傳來警笛聲，雅各布事先通知聯調局，前來抓捕恐怖份子卡尼爾·烏提斯。維普聞言心情激動，上前搶奪艾米麗手中的槍。可他忘了艾米麗手上還有把剛繳獲的手槍，兩聲槍響，維普痛苦的倒在地上。為了不再讓其他人受到傷害，邁克爾答應交出硬碟。見雅各布押著邁克爾去取硬碟，聯調局的應急小隊已經衝進船塢，茶包哥不顧一切的用機械手扭斷艾米麗的脖子，為兒子報仇血恨。
雅各布押著邁克爾走向船塢深處，邁克爾的手機響起。莎拉和林肯已根據梵所說的地點，在學院的另一處救出了麥克，還抓住了梭羅。雅各布自知大事不妙，索性要殺邁克爾滅口。只要邁克爾死了，就死無對證，也不會有人知道硬碟的下落。突然，遠處傳來應急小組的聲音，邁克爾趁雅各布分神之際，逃進一個小門。雅各布追進小門，向邁克爾連開兩槍。開槍後才發現，小門後是仿林間小屋的背景。他槍殺哈倫的情景被再現。
再現情景只是邁克爾計劃的一部分。邁克爾進入辦公室不僅取走了硬碟，還將瓶中哈倫的鮮血抹在了辦公室裡，再加上硬盤裡的證據和梭羅的口供，中情局破獲了內部的反叛組織，也還給了邁克爾真實身份和自由。
邁克爾、莎拉，還有林肯、希巴享受自由的陽光時，雅各布也面帶笑容的住進了福克斯河監獄。他自信不會呆太長時間，可睡在上鋪的茶包哥站在他面前時，雅各布臉上的笑容凝固了。