1、還珠格格第三部主要講：小燕子雖然已與永琪完婚，依舊是笑話常鬧，禍事不斷的“開心果”，在隨皇阿瑪“南巡”途中，山東正鬧饑荒，小燕子一激動，將隨身攜帶的食物全部給了災民，乾隆也只好忍飢挨餓，山東地方官為了討好乾隆，用山珍海味款待，小燕子、永琪、爾康、紫薇聯想到災民慘狀，忍不住大鬧酒席，乾隆也被他們的正義行為所感動。
2、“南巡”路上，紫薇和爾康恩恩愛愛，永琪和小燕子快快樂樂，只有晴兒和簫劍陷入相愛卻不能相聚的痛苦之中，小燕子對哥哥的痛苦看在眼裡，掛在心中，到了杭州，她與永琪、紫薇、爾康商量好，偷偷安排了一條船，掩護晴兒與簫劍相會，衛兵誤以為刺客，欲登船擒拿，小燕子等人倉卒出手，打鬥驚動了皇上和皇太后，也暴露了晴兒與簫劍的戀情而受到太后的斥責。
3、此時乾隆無心關注兒女之事，他的心已被青樓美女夏盈盈所迷，並宣稱要封夏盈盈作妃子，此事驚動了太后和皇后，皇后為保全皇帝的聲譽，呈血書懇切力諫，乾隆大怒，將皇后遣回京城。皇后幾年來洗心革面修復的夫妻之情傾刻化為烏有，最終只能面對“削髮為尼”的結局。
4、其實在南巡路上，大家還認識了海寧陳邦直的小女兒知畫，太后看她溫柔嫻雅，又多才多藝，決定把她帶回京城，而知畫和她的父母竟然毫不猶豫地答應了。晴兒看到知畫來到太后身邊，決定和簫劍遠走高飛，爾康又假傳聖旨，用金牌令箭放走了他們，乾隆大發雷霆，無奈，簫劍和晴兒這對苦命鴛鴦又趕了回來。
5、回到京城，太后查清了小燕子兄妹的身世，為防不測，將簫劍囚禁起來，在營救過程中，小燕子知道了殺父仇人竟然是最親近的皇阿瑪，從此，她對永琪的愛漸漸冷卻，對乾隆的恨漸漸加深。為了保守秘密，太后提條件讓永琪娶知畫，婚禮當天就會放了簫劍，小燕子為了救哥哥，只好忍痛割愛，無奈之下，永琪和知畫完成了婚禮。他們成親以後，小燕子與知畫的衝突不斷，知畫為了得到永琪，也與小燕子展開一場戰爭。
6、邊疆的戰火燃起，死裡逃生的永琪與爾康率大軍揮師南下，反擊緬甸軍隊的進犯，清軍雖然大勝而歸，也帶回了戰死沙場的爾康的屍體，紫薇悲痛欲絕，為了與在天國的愛人相會，紫薇跳下了幽幽谷，谷底突然飛出成千上萬的蝴蝶，組成彩色的雲團托起紫薇，迷幻中有人告訴她：爾康沒有死。而就在大家沉浸在悲痛之時，知畫產下一子，取名綿億，這使小燕子的醋意更加濃密。
7、爾康真的沒有死，緬甸王猛白的八公主在刀光劍影中愛上了爾康，乘爾康受傷將其搶回行宮用“調包”的假象矇騙了永琪，也矇騙了紫薇，因受傷而意識模糊的爾康錯把公主當成紫薇，深陷敵國，被迫成親還在異國染上了藥癮。
8、簫劍知道此事後來到北京，告訴紫薇真相，雖然沒有把握，但是紫薇深信這是真的。大家面見乾隆，乾隆逼問簫劍的來歷，知畫把真相揭開，簫劍和小燕子因為仇恨而失去理智，簫劍上去掐住乾隆的脖子，小燕子拔下永琪的劍刺向乾隆，永琪奮力搶救，中劍的永琪卻痛定思痛手腕被重重地劃了一刀，並要挾簫劍放手。簫劍又要除掉永琪，被小燕子制止。小燕子心中的仇恨之火終於被永琪、紫薇的真愛之泉所澆滅。
9、紫薇決定南下尋夫，永琪為了小燕子也決定放棄王位，離開皇宮，乾隆不但成全了他們，也成全了簫劍和晴兒這對苦苦的戀人。離開時，知畫抱著綿億追著永琪，小燕子也終於知道知畫對永琪的感情，但是馬車頭也不回地走了。
10、猛白要挾八公主和爾康結婚，但是緬甸公八主決定放掉他，讓他跟紫薇繼續“生死之交”，一行五人歷經千辛萬苦，終於在異國他鄉與爾康相聚，各訴衷腸。後來，因爾康染上藥癮需戒掉，戒藥時爾康曾打紫薇。後來，終於成功了。為了慶祝爾康戒藥成功也同時讓晴兒和簫劍如願，他（她）們辦了一個各個民族聚集地婚禮，婚禮中還爆出驚天大料小燕子懷孕了。爾康和紫薇要回北京，大家戀戀不捨。星移斗轉，隱居在大理的永琪和小燕子早已兒女滿堂，一天兩位不速之客突然光臨，永琪小燕子一見，大吃一驚，原來是日思夜想的皇阿瑪和爾康。簫劍和晴兒帶著兒女趕來相聚，三代人歡聚一堂，陣陣笑聲久久迴盪在天上人間。