1、改變病原微生物細胞膜的通透性：表面活性劑、酚類及醇類可導致胞漿膜結構紊亂並干擾其正常功能。使小分子代謝物質溢位胞外，影響細胞傳遞活性和能量代謝，甚至引起細胞破裂。
2、干擾、破壞病原微生物的酶系統，許多消毒劑能破壞微生物的酶系統，從而影響微生物的代謝，發生抑菌和殺菌作用。如某些氧化劑和重金屬鹽類能與細菌的巰基結合並使之失去活性。
3、使病原微生物的蛋白質凝固、變性酸、鹼和醇類等有機溶劑可改變蛋白構型而擾亂多肽鏈的摺疊方式，造成蛋白髮生不可逆的變性、凝固，導致結構蛋白和功能蛋白都遭受嚴重破壞。如乙醇、大多數重金屬鹽、氧化劑、醛類、染料和酸鹼等。
1、酒精殺菌消毒的原理：酒精是有機化合物，即乙醇（C2H5OH）。酒精的分子具有很大的滲透能力，它能穿過細菌表面的膜，打入細菌的內部，使構成細菌生命基礎中的蛋白質分子結構改變，引起蛋白質變性（蛋白質凝固），從而起到殺菌的作用。除此之外，酒精還能使澱粉酶（一種蛋白質）分子結構改變，失去活性，喪失催化作用。
2、乙醇，有機化合物，俗稱酒精，是最常見的一元醇。其在常溫常壓下是一種易燃、易揮發的無色透明液體，低毒，純液體不可直接飲用，具有特殊香味（略帶刺激），微甘（伴有刺激的辛辣滋味），易燃，其蒸氣能與空氣形成爆炸性混合物，能與水以任意比互溶，也能與氯仿、乙醚、甲醇、丙酮和其他多數有機溶劑混溶。其與甲醚是同分異構體。
3、它的用途很廣，可用於製造醋酸、飲料、香精、燃料等，醫療上常用體積分數為70%~75%的乙醇作消毒劑，但含酒精飲料中的乙醇也是致癌物。
酒精消毒的原理就是由於它有較強的揮發性，它能夠吸收細菌蛋白的水分，使其脫水凝固，從而達到殺死細菌的目的。酒精能消毒是有前提的，有兩點非常重要。一是並不是所有濃度的酒精都能消毒，二是就算是合適濃度的酒精也不適合所有型別的消毒場景。關於酒精濃度的問題，醫用消毒酒精選取的濃度是75％的乙醇。這個濃度的酒精消毒效果最好，太高或者太低都不好。所以，不是隨便去超市買瓶高度白酒就可以起到消毒作用，同時，也不是濃度越高消毒效果越好。比如醫院也有用到95％的酒精，但是這個不是用來消毒人體，而是用來擦拭紫外線燈。
醫用酒精
醫用酒精的主要成分是乙醇，並且它是混合物。醫用酒精是用澱粉類植物經糖化再發酵經蒸餾製成，相當於制酒的過程，但蒸餾溫度比酒低，蒸餾次數比酒多，酒精度高，製成品出量高，含酒精以外的醚、醛成分比酒多，不能飲用，但可接觸人體醫用。是植物原料產品。醫用酒精的純度有多種，常見的為95%和75%。酒精的消毒機理要使蛋白質變性，就要讓蜷曲、螺旋的蛋白質分子長鏈舒展、鬆弛，其中關鍵是破壞形成蜷曲和螺旋的各種力。酒精分子有兩個末端，一端是憎水的（-C2H5），可以破壞蛋白質內部憎水基團之間的吸引力；一端是親水的（-OH），但它難以破壞蛋白質外部的親水基團之間的吸引力。另一方面。水分子雖然可以鬆弛蛋白質親水基團之間的吸引力，但它即使鑽進細菌內部，也無法破壞其蛋白質中憎水基團之間的吸引力。所以，純酒精或水都不足以使細菌內的蛋白質變性，只有酒精和水共同存在，同時使保持蛋白質幾何形狀的各種吸引力鬆弛，蛋白質才會失去生理活性。